Die OVA "Dark" erzählt eine düstere und komplexe Geschichte, die in einer dystopischen Zukunft spielt. Die Handlung dreht sich um den Protagonisten Dark, einen jungen Mann, der in einer von Gewalt und Korruption geprägten Welt lebt. Dark ist ein sogenannter "Mutant", ein Mensch mit übernatürlichen Fähigkeiten, der von einer mysteriösen Organisation gejagt wird. Diese Organisation, bekannt als "The Syndicate", versucht, Dark und andere Mutanten zu fangen, um ihre Kräfte für ihre eigenen machtpolitischen Ziele zu nutzen.

Dark wird von seiner Vergangenheit verfolgt, insbesondere von der Erinnerung an den Tod seiner Familie, der durch The Syndicate verursacht wurde. Auf seiner Flucht trifft er auf andere Mutanten, darunter die geheimnisvolle Frau Ryo, die ebenfalls auf der Flucht ist. Ryo verfügt über telekinetische Fähigkeiten und wird zu einer wichtigen Verbündeten für Dark. Gemeinsam versuchen sie, The Syndicate zu entkommen und gleichzeitig die Wahrheit über ihre Herkunft und die wahren Absichten der Organisation aufzudecken.

Die Handlung ist geprägt von intensiven Action-Szenen, psychologischen Konflikten und moralischen Dilemmata. Dark muss sich nicht nur mit äußeren Feinden auseinandersetzen, sondern auch mit seinen inneren Dämonen und der Frage, ob er seine Kräfte für Rache oder für einen höheren Zweck einsetzen soll. Die OVA behandelt Themen wie Identität, Machtmissbrauch und die Konsequenzen von genetischer Manipulation.

Die Charaktere sind vielschichtig und entwickeln sich im Laufe der Geschichte weiter. Dark ist ein Antiheld, der zwischen seiner menschlichen Seite und seinen übernatürlichen Fähigkeiten hin- und hergerissen ist. Ryo dient als Gegenpol zu Dark, mit einer ruhigeren, aber ebenso entschlossenen Persönlichkeit. Die Antagonisten von The Syndicate sind kalt und berechnend, was die Bedrohung, die sie darstellen, noch verstärkt.

Die Handlung ist in mehrere Episoden unterteilt, die jeweils einen Teil der größeren Geschichte erzählen. Jede Episode baut auf der vorherigen auf und enthüllt nach und nach die Geheimnisse der Welt und der Charaktere. Die OVA endet mit einem offenen Finale, das Raum für Interpretationen lässt und die Zuschauer mit Fragen zurücklässt.