"Silent Service" ist ein Anime-TV-Special, das auf dem gleichnamigen Manga von Kaiji Kawaguchi basiert. Die Handlung dreht sich um das japanische U-Boot "Seabat", das im Rahmen eines geheimen japanisch-amerikanischen Militärabkommens gebaut wurde. Der Protagonist, Kapitän Shiro Kaieda, übernimmt das Kommando über das U-Boot, das mit fortschrittlicher Technologie ausgestattet ist. Während einer Testfahrt im Pazifik erklärt Kaieda jedoch überraschend die Unabhängigkeit des U-Boots von beiden Nationen und benennt es in "Yamato" um. Diese Entscheidung löst eine internationale Krise aus, da die "Yamato" nun als Bedrohung für die globale Sicherheit wahrgenommen wird.

Kaieda und seine Crew verfolgen das Ziel, eine neue, unabhängige Nation zu gründen, die frei von den Einflüssen der Großmächte ist. Die Handlung konzentriert sich auf die politischen und militärischen Manöver, die sowohl von Japan als auch von den Vereinigten Staaten unternommen werden, um die Kontrolle über das U-Boot zurückzugewinnen. Dabei werden die ethischen Dilemmata und die moralischen Konflikte der Besatzung thematisiert, die zwischen ihrer Loyalität gegenüber ihren Heimatländern und ihrem Glauben an Kaiedas Vision schwanken.

Die Charaktere sind vielschichtig und repräsentieren unterschiedliche Perspektiven auf die Situation. Shiro Kaieda wird als charismatischer und idealistischer Führer dargestellt, der bereit ist, radikale Schritte zu unternehmen, um seine Ziele zu erreichen. Die Besatzungsmitglieder, darunter der Erste Offizier und der Chefingenieur, verkörpern die internen Spannungen und die menschlichen Aspekte des Konflikts. Auf der Gegenseite stehen politische und militärische Vertreter beider Nationen, die strategisch und oft rücksichtslos handeln, um ihre Interessen zu wahren.

Die Handlung ist geprägt von politischen Intrigen, militärischen Strategien und den persönlichen Motiven der Charaktere. Sie thematisiert Fragen der nationalen Souveränität, der militärischen Ethik und der globalen Machtverhältnisse. Der Anime bleibt dabei eng an der Vorlage des Mangas und präsentiert eine dichte, spannungsgeladene Erzählung, die sowohl actionreiche Szenen als auch tiefgreifende Dialoge umfasst.