"Tokyo Project" (OVA) spielt in einer futuristischen Version von Tokio, in der Technologie und menschliche Emotionen auf komplexe Weise verschmelzen. Die Handlung dreht sich um einen jungen Programmierer namens Hiroshi, der an einem bahnbrechenden virtuellen Realitätsprojekt arbeitet. Dieses Projekt, bekannt als "The Tokyo Project", soll es den Nutzern ermöglichen, ihre Erinnerungen und Träume in einer digitalen Welt zu erleben. Hiroshi wird dabei von seiner Kollegin Aya unterstützt, einer talentierten Entwicklerin, die sich auf künstliche Intelligenz spezialisiert hat.

Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass das Projekt nicht nur technologische, sondern auch ethische Herausforderungen mit sich bringt. Als Hiroshi und Aya tiefer in die virtuelle Welt eintauchen, stoßen sie auf unerwartete Phänomene, die die Grenzen zwischen Realität und Illusion verschwimmen lassen. Dabei treffen sie auf eine mysteriöse Figur namens K, die scheinbar aus der virtuellen Welt stammt und über umfassendes Wissen über das Projekt verfügt. Ks Absichten sind unklar, und seine Anwesenheit wirft Fragen über die Natur des Bewusstseins und die Konsequenzen der Technologie auf.

Die Handlung entwickelt sich zu einem Spannungsbogen, in dem Hiroshi und Aya nicht nur mit den technischen Aspekten des Projekts, sondern auch mit ihren eigenen Ängsten und Erinnerungen konfrontiert werden. Die virtuelle Welt wird zunehmend zu einem Spiegel ihrer inneren Konflikte, während sie versuchen, die Kontrolle über das Projekt zurückzugewinnen. Dabei wird die Beziehung zwischen Hiroshi und Aya auf die Probe gestellt, da sie unterschiedliche Ansichten über die Zukunft des Projekts und dessen Auswirkungen auf die Menschheit haben.

Die OVA behandelt Themen wie Identität, Erinnerung und die ethischen Grenzen der Technologie, während sie die Charaktere in eine Handlung verstrickt, die sowohl introspektiv als auch actionreich ist. Die Erzählung bleibt dabei eng auf die Entwicklung der Hauptfiguren und die Konsequenzen ihrer Entscheidungen fokussiert, ohne in übermäßige Spekulationen abzugleiten.