Jun Misugi fungiert als zentrale Figur, die zunächst als Kapitän der Fußballmannschaft der Musashi-Grundschule eingeführt wird. Als „Fußballgenie“ mit Fähigkeiten und Spielverständnis, die an Tsubasa Ozora heranreichen, wird seine frühe Karriere von einem angeborenen Herzleiden geprägt. Dieses Geheimnis, das nur der Manager Yayoi und der Trainer kennen, schränkt seine Spielzeit ein. Dennoch spielt er im Halbfinale der Grundschulmeisterschaft gegen Nankatsu voll mit und liefert eine herausragende Leistung, die ihn fast zusammenbrechen lässt. Obwohl Musashi mit 5:4 verliert, empfindet er Erfüllung im Wettkampf mit Tsubasa.

Er absolviert eine zweijährige Rehabilitation mit Yayois Unterstützung und kehrt in der Mittelschule mit einer strengen 30-Minuten-Spielbegrenzung zurück. Sein Zustand zwingt ihn zu einem weiteren Zusammenbruch während des Tokyo-Präfekturfinals gegen Toho, doch er schafft eine letzte defensive Aktion vor der Auswechslung. Da er nicht weiter spielen kann, wird er später Assistenztrainer der Japan Junior Youth-Mannschaft und trägt mit entscheidenden Taktiken bei, wie der Umpositionierung von Matsuyama als Verteidiger während internationaler Turniere. Er kommt auch als Einwechselspieler gegen Argentinien und Frankreich zum Einsatz und stellt eine allmähliche Verbesserung seiner Herzgesundheit fest.

Während der Oberschule verzichtet er drei Jahre lang auf Wettkampffußball, um sich auf seine Genesung zu konzentrieren, und berät stattdessen die Japan Youth-Mannschaft. Schließlich kehrt er als Spieler zurück und erfindet sich als Libero neu, um die Mittelfeldtiefe des Teams zu ergänzen, inspiriert vom italienischen Fußballer Baresi. In den asiatischen World Youth-Qualifikationen erzielt er mit seinem Drive Shot ein entscheidendes Ausgleichstor gegen Thailand. Seine taktische Intelligenz erweist sich in späteren Spielen als entscheidend, etwa beim Verständnis von Tsubasas Skydive Shot gegen Mexiko. Anschließend schließt er sich dem J1-League-Club FC Tokyo als rechter Mittelfeldspieler an und zeigt Anpassungsfähigkeit im Profifußball.

Für die olympische Mannschaft Japons ausgewählt, bildet er zusammen mit Misaki und Matsuyama die „drei Ms“ und ist für die Teamstrategie in den asiatischen Qualifikationen verantwortlich. Seine Gesundheit bleibt ein Problem; im Olympiaspiel gegen Deutschland versucht er, Schneiders Fire Shot zu blocken, und erleidet einen Herzstillstand, der eine Reanimation durch Tsubasa auf dem Platz erfordert. Nach seiner Wiederbelebung verhandelt er, unter medizinischer Aufsicht weiterzuspielen, und leistet in der Verlängerung entscheidende Beiträge. Die Verletzung zwingt ihn zur Pause im folgenden Spiel gegen Spanien, doch er gibt von der Seitenlinie defensive Anweisungen. Während seiner Karriere balanciert er Fußball mit Medizinstudien und strebt danach, dem brasilianischen Spieler Sócrates nachzueifern. Seine Beziehung zu Yayoi entwickelt sich weiter, mit Gesprächen über eine Heirat, obwohl seine Gesundheit weiterhin Herausforderungen darstellt.

Muge