Shin Hazama, ein Schüler des dritten Jahres in einem modernen Japan, erleidet einen verheerenden Verlust, als sein Vater stirbt und er gezwungen wird, zu seinem Onkel Tetsuya zu ziehen. Seit dem früheren Tod seiner Mutter emotional verschlossen, entdeckt Shin später, dass ihr Tod auf eine Dynamik der Parallelwelt zurückzuführen ist: Der Tod der Mutter seines Gegenstücks in der anderen Welt löste den Tod seiner eigenen Mutter aus. Seine Kindheitsfreundin Kotori Izumi steht ihm trotz seiner Abneigung gegen emotionale Bindungen unerschütterlich zur Seite.

Jin, Shins Gegenstück, stammt aus einem parallelen Japan, in dem feudale Strukturen unter der unterdrückerischen Herrschaft von Prinzessin Kotoko fortbestehen. Im Gegensatz zu Shin wächst Jin in einer militarisierten Gesellschaft auf und schließt sich nach dem Tod seines Vaters der Rebellion an. Er gelangt in Shins Welt mit einem einzigen Ziel: Kotori zu töten. Jin glaubt, dass ihre Beseitigung das Leben von Prinzessin Kotoko in seiner Welt beenden wird, aufgrund der intrinsischen Lebensbindung zwischen den Gegenstücken. Sein Entschluss ist geprägt von dem Leiden, das er unter Kotoko miterlebt hat, und er sieht seine Mission als notwendigen Akt der Befreiung.

Die beiden Welten sind tödlich miteinander verflochten; ein Tod in einer Welt fordert das Gegenstück in der anderen, was unerklärliche Todesfälle in Shins Welt erklärt, einschließlich des Todes seiner Mutter. Jins Ankunft zerstört Shins fragile Stabilität und zwingt ihn, seine Passivität zu überwinden. Shin tut sich zunächst schwer, die Existenz eines parallelen Selbst zu akzeptieren, doch allmählich fasst er den Entschluss, Kotori vor Jin zu schützen. Ihr Konflikt vertieft sich, als Shin Jins Motive und die brutalen Konsequenzen der verbundenen Welten begreift. Shins Schutzinstinkte gegenüber Kotori und sein wachsendes Verständnis für Jins Trauma treiben ihn an, Jins Pläne aktiv zu bekämpfen.

Jin sieht sich mit Hindernissen konfrontiert, die über Shin hinausgehen, darunter Armatics (KI-Roboter) und Auftragsmörder wie Miko und Riko, die aus der Parallelwelt entsandt wurden, um ihn aufzuhalten. Unbeeindruckt von diesen Herausforderungen bleibt Jin auf sein Ziel fixiert und betrachtet Kotoris Tod als unvermeidliches Opfer. Die Konfrontation zwischen Shin und Jin eskaliert, während beide mit ihrer gemeinsamen Identität und doch unterschiedlichen Wegen ringen, was in Kämpfen gipfelt, in denen jeder erbittert seine Entscheidungen und diejenigen verteidigt, die er schützen will.

Shin Hazama/Jin