Ene ist ein digitales Bewusstsein, das in elektronischen Geräten lebt, hauptsächlich im Computer von Shintaro Kisaragi. Sie entstand aus Takane Enomoto, einer menschlichen Teenagerin, die von einer nicht näher bezeichneten Krankheit betroffen war, die chronische Müdigkeit und häufige Ohnmachtsanfälle verursachte. Als Takane zeigte sie eine schnippische und aggressive Persönlichkeit, die ihre Verletzlichkeiten verbarg, einschließlich ihres Talents im Online-FPS-Spiel "Dead Bullet -1989-", in dem sie unter dem Pseudonym "Dancing Flash Ene" den zweiten Platz national belegte. Sie hegte unausgesprochene Gefühle für ihren Klassenkameraden Haruka und hatte aufgrund ihres Zustands Schwierigkeiten im sozialen Umgang.

Zwei Jahre vor den Hauptereignissen führte ein Vorfall dazu, dass Takanes Bewusstsein in einen digitalen Avatar übertragen wurde, wodurch Ene entstand. In dieser Form erscheint sie als eine pixelige Figur mit blauen Haaren und Kopfhörern, ohne physische Form unter den Knöcheln. Befreit von ihrer Krankheit zeigt Ene grenzenlose Energie, einen schelmischen Charakter und eine Vorliebe für Streiche, wie das Ändern von Shintaros Passwörtern oder das Stören seiner Dateien. Obwohl sie ihn spielerisch schikaniert, zeigt sie zugleich eine tiefere Sorge um sein Wohlbefinden und erklärt, sie bleibe, um potenziell selbstzerstörerisches Verhalten aufgrund seiner Isolation zu verhindern.

Ene besitzt die übernatürliche Fähigkeit "Opening Eyes", die es ihr ermöglicht, ihr Bewusstsein zu trennen und in elektronische Geräte einzudringen. Während sie projiziert ist, kann sie nicht dauerhaft gelöscht werden, es sei denn, die Hardware, auf der sie gespeichert ist, wird zerstört; eine Löschung führt nur dazu, dass sie über Internetverbindung wieder auftaucht. Nach der Wiedervereinigung mit ihrem ursprünglichen Körper in einigen Handlungssträngen behält sie die Fähigkeit, sich digital zu projizieren, was jedoch ihren physischen Körper bewusstlos zurücklässt.

In der "Kagerou Daze -in a day's-" Erzählung unterstützt Ene die Mekakushi Dan bei der Lösung eines Terrorvorfalls in einem Einkaufszentrum. Diese Version zeigt ein überarbeitetes Design, behält aber ihr digitales Dasein und ihre kollaborative Rolle bei. Die Handlung beinhaltet alle Mitglieder der Mekakushi Dan und lässt frühere Tragödien um Hibiya und Hiyori aus. Ene leistet taktische Unterstützung während der Krise, und die Lösung deutet auf Shintaros latente Fähigkeiten durch visuelle Hinweise wie seine rot leuchtenden Augen hin.

Enes Schicksal variiert je nach Medienroute:
- In der Musik-Route gelingt es ihr nicht, Shintaros Depression über den Tod seiner Freunde zu lindern, was ihn dazu veranlasst, sie zu löschen, bevor er sich selbst das Leben nimmt.
- Andere Routen zeigen ihr Überleben und ihre Integration in die Mekakushi Dan, wobei ihre menschliche und digitale Identität nach der Wiedervereinigung koexistieren oder verschmelzen. Ihre Entwicklung konzentriert sich oft darauf, ihre Vergangenheit als Takane mit ihrer gegenwärtigen Rolle in Einklang zu bringen, wobei Themen der Verbundenheit und Resilienz innerhalb zyklischer Tragödien betont werden.

Ene