Shogun Tokugawa regiert Japan im Jahr 1572, mitten in Bürgerkriegen, und weist eine verblüffende Ähnlichkeit mit Dr. Drake auf, die es Drake ermöglicht, ihn zu imitieren. Tokugawa zeigt Feigheit und reagiert übertrieben auf geringfügige Bedrohungen, wie etwa Ohnmacht nach einem harmlosen Biss einer Eidechse, die er für eine Schlange hält. Er besitzt ein außerordentlich schlechtes Orientierungsvermögen, gibt zu, dass er sich sogar in seiner eigenen Residenz verirrt, und benötigt ständige Führung während Expeditionen. Um seinen Willen durchzusetzen, setzt er kindische Taktiken ein, wie Jammern und sich auf den Boden werfen.

Er sucht den legendären Halbmond-Stein, auch Kosmos-Stein genannt, um einen Vorteil gegen seinen Rivalen Takeda zu erlangen. Tokugawa erzählt von dessen Ursprung aus dem Yamata no Orochi-Mythos, in dem Susanoo das achtköpfige Monster tötete und den Stein sowie ein Schwert erbeutete. Die Führung des D-Teams auf seiner Suche führt über gefährliches Gelände wie Klippen und Wasserfälle, was oft zu kleinen Verletzungen führt, die Verbände erfordern. Wenn er damit konfrontiert wird, dass er die Gruppe im Kreis führt, gibt er widerwillig seine Orientierungsschwächen zu.

Während der Suche wird Tokugawa vom Weltraumpiraten Foolscap gefangen genommen, um den Standort des Steins zu erfahren. Das D-Team rettet ihn während eines Kampfes, an dem Foolscap, die Kunoichi-Ninjas und der amnesische Weltraumpirate Shear beteiligt sind. Später führt er die Gruppe durch eine Höhle hinter einem Wasserfall und wählt die linke Tunnelgabel. Nach einer durch die Alpha-Gang ausgelösten Höhlenverschüttung, bei der er von Zoe getrennt wird, tröstet er sie, erkennt an, wie glücklich ihr Vater ist, eine Tochter zu haben, die so viel riskiert, und erlaubt ihr, sich zur Unterstützung an ihn zu lehnen.

Nachdem Hanzo ihn und den Weißen Kosmos-Stein zurückholt, bricht Tokugawa zur Schlacht von Mikatagahara auf. Er erwägt, für das D-Team zurückzukehren, als er erfährt, dass Drake Zoes Vater sein könnte, lässt sich jedoch von Hanzo überzeugen, der Schlacht Priorität einzuräumen. Später befürwortet er die Kampffähigkeiten des D-Teams gegenüber Hanzo, sodass sie ihn begleiten können. Während der Reise schlägt er vor, sich als Baum oder Fels zu tarnen, um Gabbro zu entgehen. In der Festung Hamamatsu bewundert er die kühne Strategie, die Tore offen zu lassen, die von Dr. Drake orchestriert wurde und die verfolgende Armee in die Flucht schlägt. Er hilft bei der Verfolgung Drakes, nachdem die Weltraumpiraten ihn gefangen nehmen, und versichert Zoe, dass sie ihren Vater wiederfinden wird.

Historisch gesehen würde Tokugawa den Titel des Shoguns erst 1603 tragen, über drei Jahrzehnte später. Die Erzählung räumt diese Diskrepanz ein; in der japanischen Originalversion wird er mit seinem Vornamen Ieyasu angesprochen, obwohl er im Dub hauptsächlich als "Shogun" bezeichnet wird.

Shogun Tokugawa