Unicron ist der übergeordnete Antagonist in Transformers: Armada. Seine Ursprünge liegen in einem uralten Konflikt, der mit seiner Niederlage gegen den Autoboten Omega Supreme endete. Nach dieser Niederlage verbarg sich Unicron, indem er die Form von Cybertrons Mond annahm, und verharrte im Schlafzustand, während er den Bürgerkrieg der Transformers beobachtete.

Er erschuf die künstlichen Mini-Cons gezielt, um Hass und Konflikte zwischen Autobots und Decepticons zu verstärken und sich von der daraus resultierenden Energie zu nähren. Um die Ereignisse zu manipulieren, setzte er Agenten wie Sideways und Thrust ein. Sideways infiltrierte beide Fraktionen als Emissär, säte Zwietracht und sammelte Mini-Con-Waffen, während Thrust taktische Pläne ausarbeitete, um die Feindseligkeiten zu verschärfen. Unicron blieb verborgen, bis die Vereinigung der drei Mini-Con-Waffen – des Star Sabers, des Skyboom Shields und des Requiem Blasters – sein Erwachen auslöste. Er legte seine Mondtarnung ab, verwandelte sich in seinen planetaren Robotermodus und offenbarte seine Absicht, Cybertron zu verschlingen.

In der darauffolgenden Schlacht entfesselte Unicron immense Zerstörungskraft, griff Cybertron physisch an und assimilierte Transformers in sein kollektives Bewusstsein. Innere Abwehrmechanismen, einschließlich Antikörpern, attackierten Eindringlinge. Optimus Prime, Galvatron (ehemals Megatron) und ihre menschlichen Verbündeten drangen in Unicrons Körper ein, um seine Kontrolle über die Mini-Con-Waffen zu unterbrechen. Obwohl er vorübergehend durch eine Rebellion der Mini-Cons deaktiviert wurde, erwachte Unicron erneut durch den verbleibenden Hass aus dem Konflikt zwischen Prime und Galvatron. Als Galvatron erkannte, dass Unicrons Existenz von diesem Kreislauf des Hasses abhing, opferte er sich, indem er sich in Unicrons Schlund stürzte und scheinbar den Chaos-Bringer zerstörte.

Unicrons Einfluss reichte über Armada hinaus. In Transformers: Energon überlebte sein Bewusstsein in Galvatron, der später zu Megatron zurückkehrte. Megatron sammelte Energon, um Unicrons physische Form wiederherzustellen, nur um von ihm korrumpiert und kontrolliert zu werden. Optimus Prime, von Primus gestärkt, besiegte Unicron erneut und fing seinen Funken in einer Kugel ein. Galvatron trug Unicrons Funken dann in eine entstehende Sonne, um ihn zu vernichten. Diese Handlung schuf versehentlich die "Unicron-Singularität" – ein destabilisierendes Schwarzes Loch, das das Universum in Transformers: Cybertron bedrohte. Die Singularität verschlang Planeten, bis Galvatron, mental auf Unicrons Ziele ausgerichtet, versuchte, ihr Wachstum zu beschleunigen und die Realität umzugestalten. Dieser Plan scheiterte und beseitigte die letzten Überreste von Unicrons Einfluss.

In allen Darstellungen blieb Unicrons zentrales Bestreben die Vernichtung der Schöpfung, um einen primordialen Nichts-Zustand zu erreichen. Seine Methoden beruhten auf Manipulation, psychologischer Folter und der Ausnutzung des Krieges der Transformers, während sein Erbe durch anhaltende physische und metaphysische Bedrohungen fortbestand.

Unicron