Joe Shimamura, bekannt als Cyborg 009, ist ein gemischtrassiger Mensch japanischer und nicht näher bezeichneter ausländischer Abstammung. Geboren von einer japanischen Mutter, die kurz nach seiner Geburt starb, wuchs er in einem katholischen Waisenhaus in Kanazawa zusammen mit seinen Freunden Shin'ichi Ibaraki, Masaru Oyamada und Mary Onodera auf. Als Black-Ghost-Agenten den Priester des Waisenhauses ermordeten, wurde Joe fälschlicherweise des Verbrechens beschuldigt. Auf der Flucht vor der Polizei wurde er von Black Ghost gefangen genommen und zwangsweise in einen Cyborg-Soldaten verwandelt.

Seine kybernetischen Verbesserungen verleihen ihm übermenschliche Kraft, Ausdauer, Beweglichkeit und mechanische Lungen, die ihm das Atmen unter Wasser ermöglichen. Seine markante Fähigkeit, der "Beschleunigungsmodus", wird durch einen Backenzahnschalter aktiviert und ermöglicht ihm Bewegungen mit Geschwindigkeiten, die umgebende Objekte bewegungslos erscheinen lassen. Längerer Gebrauch verursacht jedoch starke körperliche Belastung und gefährliche Reibungshitze. Während der Handlung von "Conclusion GOD'S WAR" gewinnt er durch latente, von 001 freigeschaltete psychische Kräfte zusätzlich die Fähigkeit zur Teleportation.

Persönlichkeitsmäßig zeigt er starke Führungsqualitäten und schützende Instinkte gegenüber seinen Teammitgliedern, insbesondere gegenüber 001. Überlebendenschuld quält ihn aufgrund des Todes seiner Waisenhausfreunde während Black-Ghost-Experimente. In seiner Kindheit führte die Ausgrenzung aufgrund seiner gemischtrassigen Herkunft zu Wut und Delinquenz, doch seine Erfahrungen mit dem Team formten Widerstandsfähigkeit und den Entschluss, die Menschheit zu verteidigen, trotz seiner Existenz als Waffe.

Eine bedeutende emotionale Bindung entwickelt er zu 003 (Françoise Arnoul), wobei in verschiedenen Medien gegenseitige romantische Gefühle angedeutet werden. Seine Beziehung zu Dr. Gilmore wandelt sich von Abhängigkeit zu gegenseitigem Respekt und entwickelt sich schließlich zu einer Vaterfigur-Beziehung.

Seine Charakterentwicklung zeichnet den Weg eines traumatisierten Flüchtlings, der widerstrebend handelt, bis hin zu einem entschlossenen Anführer, der seine Rolle im Kampf gegen globale Bedrohungen annimmt. Dieser Bogen gipfelt in der "Unterirdischen Empire of Yomi"-Saga, wo er den Black-Ghost-Anführer Skull in einer riesigen Statue konfrontiert. Der Sieg über Skull – der sich als ein Gehirn in einem Roboter-Körper entpuppt – markiert einen Wendepunkt. Nach der Ära von Black Ghost bekämpft er Gegner wie übernatürliche Wesen und übriggebliebene Organisationsteile, wobei er stets Frieden und menschliches Leben priorisiert, trotz seiner eigenen existenziellen Kämpfe als Cyborg.

Cyborg 009