Karl Haushofer erscheint im Anime-Film *Fullmetal Alchemist: Conqueror of Shamballa*, der die Handlung der Serie von 2003 fortsetzt. Nach seinem Rückzug aus der deutschen Armee wurde er 1921 Professor an der Universität München. Dort traf er auf den neu angekommenen Van Hohenheim. Beeindruckt von Hohenheims umfangreichem alchemistischen Wissen verschaffte Haushofer ihm Zugang zur geheimen Thule-Gesellschaft, in der Überzeugung, dass dies Hohenheim helfen könnte, seinen Sohn Edward Elric in die ursprüngliche Welt zurückzubringen.

Tief verstrickt in die Thule-Gesellschaft, die okkulte Überzeugungen mit politischen Ambitionen im Zusammenhang mit der aufstrebenden Nazi-Bewegung verband, manipulierte Haushofer die Raketenforschung von Alfons Heiderich. Sein Ziel war es, die Technologie zu nutzen, um ein Portal nach Amestris, der Parallelwelt, zu öffnen, was ein massives alchemistisches Opfer erforderte. Obwohl er zunächst mit Hohenheim verbündet war, verriet Haushofer ihn und erlaubte der Thule-Gesellschaft, Hohenheim in ihrem Ritual zu opfern, um Shamballa zu erreichen – ihr Begriff für das Tor nach Amestris.

Nachdem das Ritual scheiterte, was Hohenheims Tod und Edward Elrics kurzzeitige Rückkehr nach Amestris zur Folge hatte, endete Haushofers direkte Beteiligung. Zuletzt wurde er dabei beobachtet, wie er aus der Ferne zusah, wie die Thule-Gesellschaft nach ihrem gescheiterten Putschversuch zusammen mit Adolf Hitlers gescheiterter Bierkeller-Putsch zusammenbrach.

Karl Haushofer