Goh Arisaka, ein junger UN-Mitarbeiter, der in der Antarktis stationiert ist, sieht sein Leben auf den Kopf gestellt, als mysteriöse schwarze Zylinder aus dem Eis auftauchen. In der darauffolgenden Krise schließt er sich der Besatzung des wiederbelebten Unterwasserschlachtschiffs Ra an. Dort macht er eine erschütternde Entdeckung: Der Kommandant des Schiffs, Captain Magane Hyuga, ist sein Vater – von dem man bisher annahm, er sei bei einem Schiffsunglück in der Nähe der Antarktis während Gohs Kindheit ums Leben gekommen. Diese Enthüllung belastet ihre Beziehung, als Goh seinen Vater mit dem Vorwurf konfrontiert, ihre Familie im Stich gelassen zu haben, um die Ra zu befehligen.

Goh entwickelt eine enge Bindung zu Annette, einer Abgesandten der unterirdischen Zivilisation, die die Menschheit überwachen soll. Als Annette zur Seite der Menschheit überläuft, wird Goh leidenschaftlich beschützend gegenüber ihr, besonders nachdem ihr Kindheitsfreund Avatar erwacht und einen verheerenden Angriff auf die Oberfläche startet. Gohs hitziges, impulsives Naturell treibt seine Handlungen an: Er stiftet eine Helikopter-Schlägerei an, greift seinen Vater fast während ihres angespannten Wiedersehens an und stiehlt impulsiv ein Dieselpunks-Seeflugzeug von der Ra, um Annette mitten im Kampf zu retten.

Im Laufe der Handlung entwickelt sich Goh von einem desillusionierten Einzelgänger, der mit dem Verlassenwerden durch die Eltern kämpft, zu einem aktiven Teilnehmer an der Verteidigung der Menschheit. Sein Vater übergibt ihm symbolisch das Familienschwert, was Anerkennung und das Gewicht des Vermächtnisses darstellt. Später befreit Goh sich mit diesem Schwert in einem kritischen Moment an Bord des Feindesschiffs Liberty. Am Ende versöhnt er sich mit seinem Vater und schließt sich dem fortlaufenden Auftrag der Ra an, der unterirdischen Bedrohung an ihrer Quelle entgegenzutreten.

Goh Arisaka