Mendoza, ein spanischer Navigator, der von Ferdinand Magellan ausgebildet wurde, steuerte Schiffe erfolgreich dreimal an der gefährlichen Küste von Kap Hoorn vorbei. Während Magellans Weltumsegelung rettete er den Säugling Esteban aus einem sinkenden Schiff westlich der Magellanstraße, konnte jedoch Estebans Vater nicht retten. Mendoza nahm das Sonnenemblem von Estebans Medaillon, da er glaubte, ihre Schicksale seien verbunden.

Ursprünglich von Gier getrieben, verbrachte Mendoza über ein Jahrzehnt mit der Erforschung der Geheimnisvollen Städte aus Gold. Er orchestrierte Estebans Reise in die Neue Welt, indem er den Wunsch des Jungen, seinen Vater zu finden, manipulierte, und suggerierte, der Vater könnte überlebt haben, obwohl Mendoza dessen Verschwinden miterlebt hatte. Mendoza entführte auch Zia, ein Inka-Mädchen, wegen ihrer Fähigkeit, goldene Quipus zu lesen, die den Standort der Städte verraten konnten. Als Navigator der spanischen Flotte wurde er von den loyalen Söldnern Sancho und Pedro begleitet, die er oft mit Herablassung und Grausamkeit behandelte.

Während der Suche verschoben sich Mendozas Prioritäten allmählich. Obwohl er weiterhin listig und eigennützig blieb, wuchsen seine beschützenden Instinkte gegenüber Esteban, Zia und Tao – dem letzten Nachkommen des Hiva-(Mu)-Reiches. Er griff wiederholt ein, um sie vor Antagonisten wie Kommandant Gomez, Kapitän Gaspard und Gouverneur Pizarro zu schützen, und gestand, dass ihre Mission ohne seine Hilfe gescheitert wäre. Diese komplexe Loyalität ließ ihn zu Estebans moralischem Begleiter werden, wobei seine Sorge um die Kinder allmählich seine Besessenheit von Gold überwog.

In späteren Staffeln festigte sich Mendozas Charakterentwicklung. Er ermöglichte Estebans Wiedervereinigung mit seinem Vater, dem Hohepriester der Städte aus Gold, obwohl er dieses Wissen zuvor zurückgehalten hatte. Seine Beziehung zu den Kindern entwickelte sich zu einer gefestigten Freundschaft, und er priorisierte ihre Sicherheit über persönlichen Gewinn während der Reisen durch China und Japan auf der Suche nach weiteren Städten aus Gold. Er bewies weiterhin außergewöhnliche navigatorische Fähigkeiten und Führungsqualitäten und blieb gegenüber Widersachern wie dem Alchemisten Zares misstrauisch.

Mendozas voller Name, Juan Carlos Mendoza, wurde in der dritten Staffel enthüllt. Seine Interaktionen mit Isabella Laguerra, einer mit einem Schwert bewaffneten Handlangerin von Zares, führten zu einer romantischen Nebenhandlung, in der sie sich schließlich in ihn verliebte, obwohl er anfangs eine Rivalität mit ihr pflegte.

Mendoza