Tomoru Shindo ist ein Student der City 5 kurz vor dem Abschluss, der zunächst unentschlossen über seine Zukunft ist und dabei die Earth Defense Force in Betracht zieht. Er hat wiederkehrende Träume, in denen er eine Frau vor mechanischen Bedrohungen beschützt und den Mecha Orgun im Kampf gegen andere auf dem Mond sieht – Träume, die sich als Vorahnungen entpuppen.

Als ein außerirdischer Mecha City 5 angreift, trifft Tomoru auf Professor Michi Kanzaki und gerät in eine Falle. Orgun, ein abtrünniger Evoluder-Mecha, der 260 Millionen Jahre gereist ist, um die Erde zu erreichen, greift ein. Er verschmilzt mit Tomoru, wodurch sie die Invasoren besiegen können. Durch diese Fusion erlangt Tomoru Zugang zu Orguns Erinnerungen und erfährt, dass die Angreifer Evoluder sind. Diese kybernetische Spezies stammt von der verlorenen Cygnus-Raumsonde der Menschheit ab und hat sich über Jahrtausende aufgrund relativistischer Zeitdilatation entwickelt.

Tomoru sträubt sich zunächst gegen weitere Zusammenarbeit mit Orgun, aus Angst vor dauerhafter Assimilation und aufgrund seines Misstrauens gegenüber den Motiven der Earth Defense Force. Doch als er Zivilisten in Gefahr sieht, fühlt er sich verpflichtet, weiterzukämpfen, und festigt so seine Rolle als Beschützer der Erde. Seine Verbindung zu den Vorfahren der Cygnus-Mission – die zu den Evoludern wurden – erklärt seine psychische Resonanz mit Orgun und der Evoluder-Anführerin Lady Mhiku.

In der finalen Konfrontation mit Evoluder-Kommandant Zoa lehnt Tomoru Zoas nihilistische Behauptung ab, dass „das Herz NICHTS ist!“, und nutzt stattdessen die „Kraft der Liebe“, um Orgun zu stärken. Orgun opfert sich selbst, um Zoas Antimaterie-Kanone mit einem sonnenlichtbetriebenen „Grand Cross-Angriff“ zu stoppen, der ein telekinetisch herbeigeführtes vorzeitiges Sonnenaufgang erfordert. Orgun wird zerstört, doch Tomoru überlebt unversehrt.

Neben den Überresten Orguns stehend, erklärt Tomoru, dass dessen Mission nicht nur darin bestand, die Erde zu retten, sondern auch die Evoluder zu erlösen, indem er ihre verlorene Menschlichkeit durch Mhikus wiederentdecktes Mitgefühl wiederherstellte. Dann geht er mit Michi davon – seine Reise spiegelt den Übergang von Ziellosigkeit zu einem selbstbestimmten Lebenssinn wider.

as Tomoru Shindo/Orgun