Motoko Kusanagi wurde von Geburt an cyberisiert, nachdem ihre Eltern starben, während ihre Mutter schwanger war; nur ihr Gehirn wurde gerettet, was zu einer sofortigen Unterbringung in einem prothetischen Körper führte. Diese frühe Cyberisierung bedeutet, dass sie nie einen organischen menschlichen Körper erlebt hat, obwohl sie manchmal über Phantomschmerzen in Gliedmaßen berichtet, die sie nie besaß. Ihr anfänglicher prothetischer Körper gehörte der militärnahen 501 Organisation, die ihren Dienst als Gegenleistung für dessen Nutzung forderte. Dies unterwarf sie strenger Kontrolle mit begrenzter persönlicher Freiheit und finanzieller Autonomie, was erhebliche Spannungen erzeugte und ihren Wunsch nach Unabhängigkeit verstärkte. Die 501 Organisation wurde unter anderem von Oberstleutnant Kurutsu und dem verschwundenen Oberstleutnant Mamuro geleitet, ihrem früheren Mentor, der später in Waffenhändlerskandale verwickelt wurde.

Zu Beginn ihrer Karriere bei der 501 Organisation untersuchte sie einen Bombenanschlag in Newport City, der einen mit der Einheit verbundenen Waffenhändler betraf. Während dieser Ermittlungen führte ein gescheiterter "Ghost Hack" auf den virusinfizierten Mamuro zu ihrem Gedächtnisverlust und der Implantation falscher Erinnerungen. Als sie die Verstrickung der 501 Organisation in Skandale entdeckte, brach sie die Verbindung ab und erhielt schließlich das rechtliche Eigentum an ihrem prothetischen Körper. Der Public-Security-Beamte Daisuke Aramaki kontaktierte sie daraufhin und schlug die Gründung einer neuen Anti-Terror-Einheit vor, was den Beginn ihres Übergangs zur Gründung von Public Security Section 9 markierte.

Ihr lebenslanger Aufenthalt in einem künstlichen Körper verleiht ihr eine hohe Affinität zu Technologie und Cyberbrain-Hacking. Sie zeigt strategischen Einfallsreichtum, wie die Umnutzung von Verkehrsleitsystemen während Missionen, und unerwartet fürsorgliche Züge, etwa die Installation von Sprachsynthese-Software in Logicoma-Robotern, die deren charakteristische Stimmen verursacht. Ihre Ermittlungen überschneiden sich oft mit anderen Figuren: Sie arbeitet mit Batou zusammen, trotz anfänglich antagonistischer Interaktionen, unterstützt heimlich den Polizeidetektiv Togusa bei Fällen gemeinsamen Interesses und rekrutiert zwangsweise den Söldnerschützen Saito für taktische Operationen.

Ihre Charakterentwicklung umfasst Momente der Verletzlichkeit, insbesondere wenn sie mit der Unzuverlässigkeit ihrer Erinnerungen und Identität aufgrund externer Manipulation konfrontiert wird. Sie geht eine romantische Beziehung mit Akira Hose ein, einem Prothetik-Ingenieur mit fragwürdigen Verbindungen, die jedoch tragisch endet. Mit der Zeit stellt sie ihr Team systematisch zusammen, indem sie Paz, Ishikawa und Borma rekrutiert und sie unter Aramakis Aufsicht zu einer geschlossenen Einheit formt. Ihr physisches Design zeichnet sich durch hellblaues Haar und ein jugendlicheres Aussehen im Vergleich zu anderen Versionen aus, mit Fokus auf den jugendlichen Proportionen ihres kybernetischen Körpers.

In späteren Ereignissen, einschließlich der Ermittlungen zum Attentat auf Premierminister Fujimoto, führt sie die neu gegründete Section 9 an. Dieser Fall klärt lang bestehende Handlungsstränge wie den "Fire Starter"-Virus und festigt ihre Rolle als operative Leiterin der Einheit. Ihre Führung während dieser Krise unterstreicht ihre Entwicklung von einer schuldengebundenen Agentin zu einer autonomen strategischen Kommandeurin.

Comako