Dr. Koyanagi ist Tadashis Onkel und ein Erfinder, der mit seiner Assistentin, Ms. Yoshiyama, zusammenarbeitet. Sein Vater starb an einem Herzinfarkt in einer Fabrik während eines heißen Sommers, ein Ereignis, das später mit dem Ursprung der mechanischen Läufer in Verbindung gebracht wurde. Sein Vater entwickelte mechanische Beine und ein Virus, das einen abstoßenden "Todesgestank" erzeugt, als Treibstoff für biologische Kriegsläufer während der Forschung der Kaiserlich Japanischen Armee im Zweiten Weltkrieg; diese Prototypen gingen verloren, als ein feindliches Flugzeug ihr Transportschiff versenkte.

Während er einen gefangenen Fisch untersuchte, der an mechanischen Beinen befestigt war, klammerten sich die Beine an Koyanagis Arm. Er amputierte seinen eigenen Arm, um die Ausbreitung der Infektion zu stoppen, und zeigte keine Besorgnis über den Verlust der Gliedmaße. Fasziniert vom Design und der Funktionalität der Maschine, trieb ihn seine wissenschaftliche Neugier zu weiteren Experimenten. Er reparierte einen beschädigten Läufer und baute später eine maßgefertigte Laufmaschine, an der er seine infizierte Nichte Kaori befestigte, um das durch ihre Infektion erzeugte Gas als Treibstoffquelle der Maschine zu nutzen.

Tödlich verwundet, nachdem er von dem spinnenartigen Bein von Kaoris Läufer erstochen wurde, zog sich Koyanagi in Labor #2 zurück – dieselbe Einrichtung, in der sein Vater starb. Dort verband er sich mit einer modifizierten fliegenden Version der mechanischen Beine, ausgestattet mit einem Zeppelin-artigen Ballon und einer Unterbringung für einen zweiten Insassen darunter. In diesem verwandelten Zustand versuchte er, Tadashi und Ms. Yoshiyama aus Eifersucht oder dem Glauben heraus, sie seien Partner geworden, zu töten. Es gelang ihm nicht, sie zu töten, aber er fing Ms. Yoshiyama und flog davon. Während seiner Flucht griffen der Citrous Circus und andere Läufer sein Luftschiff mit Gaskanonen an, durchbohrten den Ballon; seine Maschine entfaltete metallische Flügel, die die Flucht ermöglichten.

In der OVA-Adaption dient Koyanagi als primärer Antagonist, der absichtlich einen infizierten Tadashi an eine maßgefertigte Laufmaschine anschließt. Diese Maschine wendet sich später gegen ihn, was zu seinem Tod führt. Ms. Yoshiyama erscheint in dieser Version nicht, wobei Tadashi die Rolle des Assistenten übernimmt. Die OVA lässt Koyanagis Verwandlung in eine Flugmaschine und die Gefangennahme von Ms. Yoshiyama aus.

Dr. Koyanagi