Dusknoir stammt aus einer paralysierten Zukunft. Primal-Dialga schickt ihn zurück in die Zeit, um Grovyle und einen in ein Piplup verwandelten Menschen zu fangen. Diese Ziele sind in die Vergangenheit gereist, um die Lähmung der Welt zu verhindern, indem sie die Zeiträder schützen.

Zunächst gibt sich Dusknoir als berühmter, weiser und wohlwollender Forscher aus. Er gewinnt das Vertrauen des Protagonisten und seines Partners, indem er sie vor feindseligen Pokémon-Gruppen rettet und vermeintliches Wissen über die Amnesie des Protagonisten und dessen Fähigkeit des Dimensionsschreis teilt. Diese Fassade verbirgt sein wahres Ziel: die Bemühungen zur Veränderung der Zukunft zu vereiteln. Als er den verwandelten Menschen als sein Ziel erkennt, spinnt Dusknoir ein ausgeklügeltes Täuschungsmanöver. Er stellt Grovyle als Verbrecher dar, der Zeiträder stiehlt, um den Planeten zu lähmen, und manipuliert den Protagonisten, seinen Partner und die Seegardisten, um bei Grovyles Gefangennahme zu helfen. Nach Grovyles Ergreifung entführt Dusknoir abrupt den Protagonisten und seinen Partner und bringt sie auf Befehl von Primal-Dialga in die Zukunft, um sie zu beseitigen.

In der Zukunft, nachdem die Protagonisten und Grovyle der Hinrichtung entkommen, jagt Dusknoir sie unerbittlich. Mit Primal-Dialgas Hilfe treibt er sie in die Enge und enthüllt die vergangene Identität des Protagonisten als Grovyles Partner. Dennoch gelingt den Protagonisten die Flucht zurück in die Vergangenheit. Da Dusknoir ihren nächsten Schritt voraussieht, lauert er ihnen im Verborgenen Land auf. Ein heftiger Kampf entbrennt, der mit seiner Niederlage endet, als sein eigener Angriff in den Mund auf seinem Bauch zurückprallt. In einer letzten Manipulation warnt er, dass die Veränderung der Vergangenheit alle zukünftigen Wesen auslöschen wird, einschließlich ihrer selbst. Unbeirrt opfert sich Grovyle, um Dusknoir zu überwältigen und mit ihm in die Zukunft zurückzukehren.

Zurück in der Zukunft nimmt Dusknoir zunächst wieder seine antagonistische Rolle ein. Er plant, Grovyles Körper zu besitzen, indem er ihn mit Celebi als Köder in eine Falle lockt. Doch während sie gezwungen sind, in der harten Umgebung und unter Primal-Dialgas Tyrannei zusammenzuarbeiten, erschüttert Grovyles unbeirrter Glaube an Selbstopferung für das größere Gut Dusknoir. Im entscheidenden Moment rettet Dusknoir Grovyle, anstatt dessen Geist zerstören zu lassen, und verrät damit Primal-Dialga. Dieser Akt der Erlösung führt dazu, dass Primal-Dialga ihn angreift. Als Dusknoirs Sableye-Untertanen seinen Sinneswandel bemerken, versuchen sie, ihn zu schützen. Als die Zeit sich aufgrund der Ereignisse in der Vergangenheit zu erholen beginnt, schließt sich Dusknoir vollends Grovyle und Celebi an. Gemeinsam stellen sie Primal-Dialga in einem Zeitkorridor und besiegen ihn. Dusknoir akzeptiert Grovyles Philosophie, dass bedeutungsvolle Taten mehr zählen als bloßes Existieren, und verschwindet zufrieden, als die Zukunft ausgelöscht wird.

Nach der Wiederherstellung der Zeit erscheint Dusknoir in einer neuen, hoffnungsvollen Zukunft neben Grovyle, Celebi und dem wiederhergestellten Dialga. Später tritt er in einer anderen Dimension als rekrutierbarer Verbündeter auf, wo er den Entschluss eines neuen Teams prüft, bevor er sich ihnen anschließt.

Äußerlich ähnelt Dusknoir einem typischen Vertreter seiner Art: ein zyklopenartiges, überwiegend schwarzes Pokémon mit einem zylindrischen Kopf, einem einzelnen Auge, einem kugelförmigen Körper mit einem gezackten Mund auf dem Bauch und einem fadenförmigen Schwanz. Im Kampf setzt er Attacken wie Schattenhieb, Schattenstoß, Eishieb und Irrlicht ein. Sein Bauchmund kann Ziele ganz verschlingen, obwohl er nur geistige Essenz aufnimmt.

Dusknoir