Der Koopa-König Bowser herrscht als primärer Antagonist in der Anime-Adaption und führt die Koopa-Spezies mit dem Ziel, das Pilzkönigreich durch Zauberei an sich zu reißen. Seine Magie verwandelt die Bewohner des Reiches in leblose Objekte oder Kreaturen, am bekanntesten ist die Verwandlung von Prinzessin Peachs Verlobtem, Prinz Florian, in einen Hund namens Kibidango. Neben Eroberung treibt ihn eine obsessive romantische Fixierung auf Peach an, wodurch diese Version als erste offen um ihre Hand anhält.

Um Widerstand zu ersticken, verteilt er drei mystische Artefakte – den Pilz, die Feuerblume und den Power-Stern – im Land. Nach Peachs Entführung und ihrer Gefangenschaft in seiner Festung täuscht er sie, indem er sich in Formen wie einen Plüschteddy verwandelt, obwohl sie ihn kurzzeitig überlistet und in dieser Gestalt gefangen hält. Seine Armeen liefern sich erbitterte Kämpfe mit Mario und Luigi, die er als gefährliche Gegner betrachtet. Während einer erzwungenen Hochzeitszeremonie, die Peach an ihn binden soll, durchkreuzen die Brüder und Kibidango seinen Plan, was zum Zusammenbruch führt.

Die finale Konfrontation bricht aus, als sein Schloss unter Fluten zusammenbricht. Vom zurückeroberten Power-Stern gestärkt, besiegt Mario Bowser, zerstört seine Magie und hebt seine Flüche auf. Geschlagen wird der gestürzte König später mit drei treuen Handlangern in einem Lebensmittelladen arbeitend gesehen, seine einst große Macht dahin. Sein Werdegang unterstreicht unnachgiebigen Ehrgeiz, listige magische Taktiken und den fatalen Fehler der Hybris – die Unterschätzung der Ausdauer seiner Feinde.

Koopa King