Roter Schädel befehligt Hydra als ihr primärer Antagonist und manipuliert vier genetisch verstärkte Teenager – Makoto, Adi, Chloe und Bruno – durch rigoroses Training, das die Avengers als Schurken darstellt. Er nutzt ihre Kräfte, um Hydras Ziele voranzutreiben, wobei sein zentrales Bestreben um das gefährliche "Emerald-Rain-Projekt" kreist, eine undurchsichtige Initiative, die eine große Bedrohung darstellt. Während eines Zusammenstoßes mit den Avengers in einer Hydra-Basis setzt Roter Schädel eine Nanomaschinen-Rüstung ein, um seine physischen Fähigkeiten zu steigern, wird aber schließlich überwältigt und gefangen genommen. Die Selbstzerstörung der Basis löst Brunos scheinbaren Tod und Makotos plötzliches Auftauchen von smaragdgrünen Flügeln aus, beides Ereignisse, die eng mit dem ungelösten Emerald-Rain-Projekt verbunden sind.

Im Gefängnis auf der Raft überlebt Roter Schädel ein Attentat während eines Transfers, als der Winter Soldier, auf Befehl von Hydras verdeckten Verbündeten – den Masters of Evil –, ihn ins Visier nimmt, um ein Verhör zu verhindern. Die Avengers vereiteln den Angriff, sichern Roter Schädels weitere Inhaftierung und decken seine Verbindungen zu diesem größeren Schurken-Netzwerk auf. Trotz seiner Gefangenschaft hält seine Allianz mit den Masters of Evil an und treibt ihr fortwährendes Streben nach den Zielen des Emerald-Rain-Projekts voran. Die Verbindung des Projekts zu Makotos smaragdgrünen Flügeln bleibt bestehen, was darauf hindeutet, dass Roter Schädels Pläne auch über seine Inhaftierung hinaus aktiv sind, ohne eine endgültige Lösung für seine Pläne oder sein Schicksal.

Red Skull