Chief Harris, auch bekannt als Choichiro Hikari, ist ein Offizier der Earth Defense Forces, der zunächst einer Raumstation zugeteilt wird. Nachdem mysteriöse leuchtende Phänomene am irdischen Himmel auftauchen, wechselt er zur spezialisierten Science Guard Party, die zur Untersuchung dieser Ereignisse gegründet wurde. Während seiner Rückreise zur Erde trifft er auf Ultraman Joneus, einen Ultra-Krieger vom Planeten U-40. Joneus warnt vor drohenden Gefahren für die Erde und schlägt vor, ihre Essenzen zu vereinen, um dieser Bedrohung zu begegnen. Hikari stimmt zu, was es ihm ermöglicht, sich mithilfe eines Geräts namens Beam Flasher bei Bedarf in den riesigen Superhelden Ultraman Joneus zu verwandeln, während er ansonsten menschlich bleibt.

Innerhalb der Science Guard Party dient Hikari unter Captain Akiyama neben wissenschaftlichen Spezialisten. Seine doppelte Existenz zwingt ihn, seine Identität als Ultraman Joneus vor seinen Teamkollegen zu verbergen, während er die Erde gegen Monsterangriffe und Alien-Invasionen verteidigt. Diese gefährliche Pflicht führt zu seinem temporären Tod neben Joneus im Kampf gegen den Spirit Parasite. Beide reisen zum Planeten U-40, um wiederauferstanden zu werden. Während ihrer Erholung dort entdecken sie historische Verbindungen zwischen den Ultra-People und der Erde und helfen dabei, die Invasion der Badel People abzuwehren, einschließlich der Rückeroberung der gestohlenen Ultra-Mind-Technologie.

Nach diesen Ereignissen übernimmt Captain Daisuke Gondo die Leitung der Science Guard Party. Hikari setzt seine Pflichten unter diesem neuen Kommando fort und passt sich den sich entwickelnden Bedrohungen an. Das Wiederaufleben des Heller Empire, einer abtrünnigen Ultra-Fraktion unter der Führung des verbannten Heller, zielt speziell wegen Joneus auf die Erde ab. Hikari und die Science Guard Party erhalten die Ultria, ein uraltes Ultra-Kampfschiff, um dieser Gefahr entgegenzutreten. Im Höhepunkt des Konflikts widersetzen sich Hikari und sein Team den Befehlen der Erdstreitkräfte und schließen sich Raumflottenkräften an, um die Titan Base des Heller Empire auf dem Saturn anzugreifen. Diese Kampagne beinhaltet das Eindringen in Heller City auf U-40, um deren Verteidigung während der Flottenschlacht zu deaktivieren. Hikaris geheime Identität wird seinen Teamkollegen offenbart, als er sich verwandelt, um sie vor Mac Datar zu retten. Anschließend vereint er sich mit sieben weiteren Ultra-Kriegern, um Heller zu besiegen, der in der Zerstörung umkommt.

Nach der Niederlage des Heller Empire trennt sich Joneus von Hikari. Begleitet von seiner Schwester Amia beobachtet Joneus die Erde monatelang, um Stabilität zu gewährleisten, bevor er abreist und verspricht, zurückzukehren, sollten zukünftige Bedrohungen auftauchen. Hikaris Reise umfasst seine Entwicklung vom Militäroffizier zu einer mit einem außerirdischen Beschützer vereinten Entität, seinen Tod und seine Auferstehung, seine entscheidende Rolle in interplanetaren Konflikten und seine schließliche Rückkehr zu einem rein menschlichen Dasein.

Chief Harris