Arlequina, alias Harleen Quinzel, fungiert als zentraler Antagonist in *Batman Ninja*. Durch Gorilla Grodd's Zeitverschiebungsmaschine zusammen mit dem Joker und anderen Schurken aus Gotham City ins feudale Japan transportiert, dient sie als äußerst loyaler Komplize des Jokers. Sie unterstützt aktiv seine Eroberungspläne, während die Schurken sich als kriegführende Feudalherren etablieren.

Ihre Taktiken beinhalten erhebliche Täuschung, darunter das Vortäuschen, eine verzweifelte Bäuerin zu sein, um Batman während eines Angriffs mit einem sich verwandelnden mechanisierten Schloss in eine Falle zu locken. Diese List wäre fast erfolgreich gewesen, bevor Batman entkommt. Nach einer Konfrontation auf dem Schiff des Jokers löscht eine Explosion ihre Erinnerungen und die des Jokers, sodass sie kurzzeitig als friedliche Bauern leben. Diese Amnesie endet, als speziell gepflanzte Blumen blühen und Toxine freisetzen, die ihre Erinnerungen und bösartigen Naturen wiederherstellen.

Nach der Rückkehr ihrer Erinnerungen schließt sich Arlequina dem Joker erneut an, um ihre Festung von Gorilla Grodd zurückzuerobern. Sie nimmt an der finalen Schlacht teil, in der der Joker mehrere Schlossroboter zur kolossalen Entität Lord Joker verschmilzt. Während dieses letzten Kampfes liefert sie sich einen Kampf mit Catwoman, wird aber letztlich besiegt. Nach der Niederlage der Schurken wird sie in die Gegenwart zurückversetzt und festgenommen.

Ihre Kernpersönlichkeit bleibt dem Joker intensiv ergeben, unberechenbar und findet Freude an Chaos und Gewalt. Diese Version zeigt eine gesteigerte Fähigkeit in Verkleidung und Kampftaktiken innerhalb des feudalen japanischen Settings.

Arlequina