Bruce Wayne, der als Batman operiert, wird während einer Auseinandersetzung im Arkham Asylum, bei der Gorilla Grodd's Quake Engine-Zeitverschiebungsgerät involviert ist, zusammen mit Verbündeten und Widersachern ins feudale Japan zurückverschlagen. Er kommt zwei Jahre nach Gothams Schurken an, die sich als feudale Kriegsherren etabliert haben; der Joker herrscht als "Lord Joker" über alle.

Gestrandet passt sich Batman an, greift auf zeitgemäße Waffen wie ein Fledermaus-Schwert zurück und verlässt sich auf seine Kernfähigkeiten: Kampfkunst, Akrobatik, Tarnung, Täuschung und Schwertkampf. Sein modifizierter Fledermausanzug und sein Grappling Gun bleiben unverzichtbar. Er trifft auf den Bat-Clan von Hida, eine Ninja-Gruppe, die seinen Verbündeten bei ihrer Ankunft geholfen hat. Dieser Clan glaubt, dass er eine Prophezeiung erfüllt, die von einem fremden "Fledermaus-Ninja" spricht, der dazu bestimmt ist, die Ordnung wiederherzustellen, und wird zu einem entscheidenden Verbündeten.

Zunächst schließt Batman ein temporäres Bündnis mit Gorilla Grodd, um die Quake Engine zu nutzen und alle in ihre eigene Zeit zurückzubringen, doch Grodd verrät ihn. Daraufhin fordert er seine Verbündeten – Nightwing, Red Hood, Red Robin und Robin (Damian Wayne) – auf, die "Wege des Ninja" zu erlernen, um den verwandelten Bedrohungen entgegenzutreten. Strategische Schlachten gegen von Schurken kontrollierte mechanisierte Burschen gipfeln in einem Kampf gegen Jokers kombinierten Super-Roboter, "Lord Joker". Mit Ressourcen von Grodd und dem Bat-Clan, darunter eine Armee von Affen und ein Schwarm Fledermäuse, ermöglicht Batman die Bildung der riesigen "Batgod"-Entität, um Lord Joker zu besiegen. Anschließend bezwingt er den Joker in einem entscheidenden Schwertkampf und stellt sicher, dass die Schurken in die Gegenwart zurückkehren.

Zurück in Gotham City nimmt Bruce Wayne kurzzeitig das Zivilleben wieder auf und besucht gesellschaftliche Veranstaltungen mit einer pferdegezogenen Batmobile. Eine neue zeitliche Krise bricht aus, als die gesamte Insel Japan über Gotham schwebt, von Yakuza überrannt und von der "Yakuza League" beherrscht wird, einer korrumpierten Justice League, die Ra's al Ghul mit dem Quake Engine's Four Dimensional Origami System erschaffen hat. Ra's al Ghul, Robins Großvater, strebt danach, Gotham zu vernichten und die Erde umzugestalten.

Dagegen führt Batman die Bat-Family gegen die Yakuza League an. Er bekämpft ihren Anführer, den "Man of Steel" (einen korrumpierten Superman), mit einem Kryptonit-Schlagring, den ihm der heldenhafte Superman zuvor anvertraut hatte. Nachdem er den Man of Steel besiegt und die Rückverwandlung der League in heldenhafte Figuren aufgrund zeitlicher Paradoxa miterlebt hat, stellt sich Batman direkt Ra's al Ghul, um den Schlüssel zur Deaktivierung der Quake Engine zu erhalten. Mit Hilfe vorübergehend verbündeter Gefährten, darunter der Joker und Harley Quinn, gelingt es ihm, die Zeitlinie wiederherzustellen, was zur Rückkehr und Kommunikation der Justice League führt.

Während seiner Zeit als Gestrandeter oder in alternativen Realitäten bleibt Batman streng, entschlossen und strategisch. Er zeigt Fürsorge und Führungsstärke gegenüber seinen Verbündeten und seinem leiblichen Sohn Robin, selbst unter extremen Bedingungen. Seine Grundprinzipien der Gerechtigkeit und des Schutzes der Unschuldigen treiben sein Handeln an, um die Geschichte wiederherzustellen und weitreichende Zerstörung in beiden Vorfällen zu verhindern.

Bruce Wayne / Batman