Hōnen wurde 1133 in der Provinz Mimasaka geboren, in eine angesehene Familie, in der sein Vater als Polizeichef der Provinz diente. Nach der Ermordung seines Vaters im Jahr 1141 erfüllte der neunjährige Hōnen den letzten Wunsch seines Vaters, indem er unter der Obhut seines Onkels ein monastisches Leben begann. Mit dreizehn Jahren wurde er offiziell als Tendai-Priester ordiniert und absolvierte ein strenges Training auf dem Berg Hiei in der Nähe von Kyōto.
In diesen frühen Jahren studierte er unter verschiedenen Meistern und erhielt den klösterlichen Namen Hōnen-bō Genkū. Die tiefe Beschäftigung mit dem chinesischen buddhistischen Kanon führte jedoch zu einer wachsenden Unzufriedenheit mit den elitären Praktiken des Tendai-Buddhismus und der wahrgenommenen Schwierigkeit für gewöhnliche Menschen, die Befreiung zu erlangen. Dieses Streben nach tieferem Verständnis veranlasste ihn, Tempel in Saga, Nara und Kōfuku-ji zu besuchen, bevor er in die Bibliotheken des Berges Hiei zurückkehrte.
Eine entscheidende Wandlung erlebte er im Alter von dreiundvierzig Jahren, als er den Kommentar des chinesischen Reine-Land-Meisters Shandao zum Meditationssutra las. Eine bestimmte Passage, die das einhändige Rezitieren des Namens des Buddha Amitābha (Nembutsu) als die einzige notwendige Praxis für die Wiedergeburt im Reinen Land befürwortete, traf ihn tief. Dies veranlasste Hōnen, den Berg Hiei 1175 zu verlassen und sich ausschließlich dem Nembutsu-Pfad zu widmen.
Nach seinem Umzug nach Ōtani in Kyōto lehrte Hōnen, dass die aufrichtige Rezitation von „Namo Amida Butsu“ mit Vertrauen in das Gelübde Amitābhas ausreichend sei, um für alle Menschen – unabhängig von sozialer Klasse, Geschlecht oder klösterlichem Status – die Buddhaschaft im Reinen Land zu erlangen. Diese einfache, inklusive Botschaft fand während des turbulenten Genpei-Krieges (1180–1185) großen Anklang und zog diverse Anhänger an, darunter Samurai, Händler, Prostituierte und andere, die vom etablierten Buddhismus marginalisiert wurden.
Seine wachsende Prominenz und die ausschließliche Konzentration auf das Nembutsu zogen Kritik auf sich, was 1186 zur öffentlichen Ohara-Debatte führte. Danach wuchs Hōnens Einfluss weiter. Er hielt Vorträge über Reine-Land-Sutras in angesehenen Tempeln wie dem Tōdai-ji in Nara im Jahr 1190 und am Hof des kaiserlichen Regenten Kujō Kanezane. Kanezane, der ein Anhänger wurde, beauftragte Hōnen mit der Abfassung seines wegweisenden Werks, des Senchakushū, das seine Lehren systematisierte.
Als die Bewegung wuchs, interpretierten einige Anhänger die Lehren radikal, was zu Vorwürfen von Antinomismus, Respektlosigkeit gegenüber anderen Praktiken und Vandalismus führte. Die Tendai-Mönche des Berges Hiei forderten 1204 ein Verbot der ausschließlichen Nembutsu-Praxis. 1205 legte der Tempel Kōfuku-ji Kaiser Toba II. Anschuldigungen gegen Hōnen vor, die die Ablehnung anderer Praktiken und die Gleichstellung von Laien und Mönchen kritisierten. Als Reaktion unterzeichneten Hōnen und seine Schüler das Sieben-Artikel-Gelübde, das Zurückhaltung und Respekt forderte.
Trotzdem führten politische Veränderungen nach dem Tod des Regenten Kanezane und Vorfälle mit Hōnens Anhängern am Hof dazu, dass Kaiser Gotoba 1207 die ausschließliche Nembutsu-Praxis verbot. Hōnen wurde ins Exil geschickt, erhielt jedoch später eine Begnadigung und kehrte nach Kyōto zurück. Seine letzten Jahre verbrachte er damit, weiter zu lehren, bis er 1212 starb.
Hōnens Vermächtnis umfasst die Gründung der unabhängigen Jōdo-shū (Reine-Land-Schule) und einen tiefgreifenden Einfluss auf den japanischen Buddhismus während der Kamakura-Zeit. Er wird als der siebte Patriarch in der von seinem Schüler Shinran gegründeten Jōdo Shinshū-Tradition anerkannt.

Hōnen