Musashi operiert innerhalb des Team Rocket und verfolgt unermüdlich sowohl Arceus als auch das Juwel des Lebens während des gesamten Films. Das Team agiert unabhängig, getrieben von ihrem Ehrgeiz, Arceus zu ergreifen und das Juwel des Lebens für persönlichen Gewinn zu stehlen.

Als Arceus die Stadt Michina verwüstet, sucht Team Rocket in zerfallenen Ruinen Zuflucht, um zu überleben. Dort entdecken sie mehrere antike Artefakte und halten sie fälschlicherweise für kostbare Schätze, darunter Kronen und ein Diadem. Kontextszenen, die in der Vergangenheit spielen, enthüllen später, dass diese Gegenstände gewöhnliche Objekte sind: einen Kochtopf und ein Cyndaquil-Geschirr.

Musashi treibt die Handlung entscheidend voran, indem sie während der Vergangenheitshandlung das echte Juwel des Lebens findet, eine Entdeckung, die entscheidend für die Lösung des Konflikts ist. Das Engagement von Team Rocket endet, als der einstürzende Tempel während Arceus' Gericht in der Gegenwart sie in einen Fluss reißt.

Musashi