Leon Fayden befehligt die Spezialeinheit SWORD der United States Navy und leitet geheime Operationen zur Untersuchung mutmaßlicher Verstöße gegen das internationale Robotikverbot. Er teilt eine enge persönliche und berufliche Bindung mit seiner SWORD-Kollegin Vexille Serra, eine Verbindung, die ihre Missioneninteraktionen prägt.

Als SWORD ohne Genehmigung in Japan eindringt, leisten die Sicherheitskräfte sofort Widerstand. Leon wird bereits zu Beginn der Operation gefangen genommen und zum Hauptsitz von Daiwa Heavy Industries gebracht. Diese Gefangennahme lässt Vexille als einzige freie Agentin in Japan zurück und wirft Zweifel an Leons Überleben auf, was spätere Rettungsversuche direkt motiviert.

In der Daiwa-Anlage inhaftiert, erlebt Leon aus erster Hand die verborgene Realität Japans unter Unternehmenskontrolle. Er beobachtet die Folgen von Daiwas verbotenen Nanotechnologie-Experimenten: die erzwungene Umwandlung japanischer Bürger in synthetische Wesen. Diese Gefangenschaft gibt ihm direkten Einblick in den gesellschaftlichen Zusammenbruch und die Umweltzerstörung, die von außer Kontrolle geratenen Nanotech-Konstrukten, den sogenannten Jags, verursacht werden.

Eine gemeinsame Operation von Vexille und Maria, der Anführerin des japanischen Widerstands, sichert Leons Freiheit. Nach seiner Rettung schließt er sich dem Widerstandskampf an, um Daiwas globale Expansion zu stoppen. Während der entscheidenden Konfrontation im Daiwa-Hauptquartier löst Leons sichtbare Besorgnis um Vexilles Sicherheit eine eifersüchtige Reaktion bei Maria aus, die unerwiderte Gefühle für ihn hegt. Diese emotionale Dynamik beeinflusst Marias späteres opferbereites Handeln gegen den Hauptantagonisten Kisaragi.

Nach der Zerstörung des Daiwa-Hauptquartiers und dem Zusammenbruch seiner Operationen wird Leon erfolgreich zusammen mit Vexille aus Japan ausgeflogen. Ihre Abreise beendet seine dokumentierte Beteiligung an den Ereignissen rund um Japans Isolation.

Leon