Gilgamesch existiert als der in der achten Klassenkarte versiegelte Heroic Spirit, eine Anomalie jenseits der ursprünglichen sieben, die während Miyu Edelfelts Ritual gesammelt wurden. Während seines interdimensionalen Transfers tief in den Pulsschlag der Erde verdrängt, ermöglichte diese Verschiebung seine teilweise Inkarnation. Im Gegensatz zu den vollständig korrumpierten und bewusstlosen Geistern in anderen Klassenkarten gewährt sein enormes Ego teilweisen Widerstand, wodurch sein jüngeres Selbst anstelle seiner erwachsenen Archer-Form erscheint. Dieser halb inkarnierte Zustand führt zu einem kindlichen Erscheinungsbild, mit seinem goldenen Haar und roten Augen, oft abgekämpft, ähnlich einer jugendlichen Version seiner erwachsenen Freizeitkleidung. Anfangs trägt er antik-stilistische Kleidung, später wechselt er zu moderner Garderobe nach seiner Ankunft in Miyus Welt.

Persönlichkeitsmäßig zeigt diese Inkarnation eine entspanntere und gesprächigere Art im Vergleich zu seinem Archetyp, geht auf potenzielle Gegner ein, wenn Interessen übereinstimmen, wie etwa Illyas Gruppe gegen Bedrohungen wie die Ainsworths zu unterstützen. Doch Kern-Arroganz und Eitelkeit kommen situationsabhängig zum Vorschein, besonders im Kampf – deutlich wird dies durch sein Marken-Insult "Köter", gerichtet an Angelica für die Nutzung von Enkidus Kraft. Er hält strategisch entscheidendes Wissen über Miyu, die Ainsworths oder Kirei Kotomine zurück, was eine kalkulierte, beobachtende Natur offenbart. Trotz seines Bündnisses mit Illya in 3rei bleiben seine Motive eigennützig, hauptsächlich auf die Rückeroberung seiner von Angelica gestohlenen Noble Phantasmen fokussiert.

Seine Rolle beginnt während des 2wei-Arcs, als die achte Karte Fuyukis Leylinien destabilisiert, monatelang Energie absorbiert und stärker wird als vorherige Geister. Nachdem er einem gemeinsamen Angriff von Illya, Miyu, Kuro, Rin, Luvia und Bazett widersteht, entkommt seine korrumpierte Schattenform mit Ea und Vimana aus der Spiegelwelt, um den Heiligen Gral am Berg Enzou zu suchen und die Inkarnation zu vollenden. Illya trennt während einer Konfrontation versehentlich sein bewusstes jüngeres Selbst von diesem Schatten. Nach einer temporären Fusion in eine Angra Mainyu-ähnliche Monsterform besiegt Illya ihn mit den kombinierten Kaleidosticks (Zwei-Form), wodurch er zu seinem jüngeren Selbst zurückkehrt und Miyu befreit wird. Er enthüllt, dass sein halb inkarnierter Zustand die Leistung von Ea schwächte, was zu seiner Niederlage beitrug.

In 3rei erscheint er als Deuteragonist, nachdem Illya Miyus Parallelwelt betritt, und bildet ein widerwilliges Bündnis mit ihr und Tanaka gegen die Ainsworths, motiviert durch Angelicas Nutzung seiner Klassenkarte, um die Kontrolle über das Tor von Babylon zu übernehmen, was seinen Zugang zum Schatz stark einschränkt. Sein Kampf mit Angelica demonstriert taktische Überlegenheit und Meisterschaft über Enkidu, obwohl er sich zurückzieht, als sie mehrere Klassenkarten einsetzt. Später hilft er Bazett, Rin, Luvia und Shirou Emiya aus der Gefangenschaft der Ainsworths zu befreien. Während der finalen Konfrontation extrahiert er seine Klassenkarte aus Miyu – die kurz ihrem Einfluss erlag – mit Enkidu und erlangt seine volle Kraft zurück. Nachdem er Beatrice mühelos besiegt, erkennt er Julian Ainsworths Plan mit einem riesigen Schlammwürfel (Pandoras Box) und Erikas Natur als virtuelles Phantom. Amüsiert, aber desinteressiert an direkter Intervention, geht er als Zuschauer, wobei er feststellt, dass mehrere Heilige Gräle nötig sind, um Julians Ziel zu erreichen.

Seine Fähigkeiten in seinem halb inkarnierten Zustand sind eingeschränkt. Während er mit dem Tor von Babylon verbunden ist, enthält es nur geringere Noble Phantasmen und Gegenstände, ohne die meisten Schätze. Vollständiger Zugang erfordert die Fusion mit seinem korrumpierten Schatten oder die Rückeroberung der von Angelica gestohlenen Waffen; er holt 264 durch Eigentumsrückführung zurück. Die korrumpierte Schattenform nutzt einen nebelartigen Körper für sofortige Regeneration und Waffenbereitstellung, überlebt Extraktionsversuche durch interne Absorption der Karte. Wichtige Noble Phantasmen umfassen Ea (genutzt zur Dimensionsdurchbrechung), Enkidu (Ketten effektiv gegen göttliche Wesen) und Vimana (Luftschiff).

Gilgamesh