Naoto Fuyumine ist eine Schwertkämpferin mit kurzem schwarzem Haar, blasser Haut und einer markanten X-förmigen Narbe auf der Brust. Diese Narbe rührt vom Mord an ihren Eltern in ihrer Kindheit her, ein Trauma, das Amnesie auslöste und ihre Erinnerungen sowie ihren ursprünglichen Namen auslöschte. Sie wurde von dem Schwertkämpfer Fuyumine entdeckt und aufgenommen, trainierte unter ihm, während sie fälschlicherweise annahm, er sei für den Tod ihrer Eltern verantwortlich. Er nannte sie „Naoto“ nach einer anderen Person. Jahre später fand sie Fuyumine ermordet durch seinen anderen Schüler Magato, der enthüllte, dass ihre Eltern tatsächlich von der „ursprünglichen Naoto“ einer Untergrundorganisation getötet worden waren. Zu Ehren ihres Mentors nahm sie seinen Nachnamen an und erbte seinen schwarzen Katana „Dog Biter“ (Inugami), woraufhin sie sich auf eine Rachemission gegen die ursprüngliche Naoto begab.

Ihre Verfolgung führte sie zur Zusammenarbeit mit anderen, darunter der genetisch modifizierte Schütze Heine Rammsteiner und der Informationshändler Badou Nails. Naoto und Heine stießen anfangs häufig aufgrund gegensätzlicher Ideale und Methoden aufeinander; Heine setzte brutale Taktiken ein, während Naoto tödliche Gewalt nach Möglichkeit vermied. Trotz der Spannungen erwiesen sich ihre Kampfstile als ergänzend. Allmählich entwickelten sie ein fragiles gegenseitiges Verständnis und arbeiteten oft gemeinsam an Missionen. Naoto wurde eine der wenigen Frauen, mit denen Heine physischen Kontakt duldete, abgesehen von dem genetisch manipulierten Mädchen Nill, das Naoto vor einer Verbrecherfamilie rettete, beschützte und mit dem sie sich anfreundete.

Naotos Hintergrund wurde komplexer, als sie Campanella Frühling, die „ursprüngliche Naoto“, konfrontierte. Frühling enthüllte, dass Naoto ein genetisch manipulierter Klon war, der als Gefäß für die Untergrundwissenschaftlerin Angelika Einstürzen geschaffen worden war. Ihre vermeintlichen Eltern waren Einstürzen-Forscher, die die Organisation verrieten und mit ihr fliehen wollten, nur um von Frühling getötet zu werden. Diese Enthüllung quälte Naoto, da sie vermuten ließ, dass Fuyumine ihre Herkunft gekannt haben könnte. Heine half ihr, sich zu erholen, und stärkte damit ihre Bindung. Später schlossen sie einen Pakt, sich gegenseitig aufzuhalten, falls sie mental von Einstürzens Einfluss beeinträchtigt würden. Dies bewies Heine, als er gewalttätige Impulse unterdrückte, nachdem Naoto – kurzzeitig von Einstürzen kontrolliert – ihn mit ihrem Katana durchbohrt hatte, einer Waffe, die für Träger von Kerberos-Spine-Implantaten wie Heine tödlich ist.

Die Eigenschaften ihres Katanas und ihre Kampffähigkeiten erwiesen sich als entscheidend im Kampf gegen die Untergrundorganisation. Obwohl sie außergewöhnlich agil und talentiert war, brachte ihre Abneigung gegen das Töten sie manchmal im Kampf in Nachteile. Im Laufe der Ereignisse wandelte sich Naoto von einsamer Rache zu tieferen Allianzen und folgte Heine in den Untergrund, um ihre gemeinsame Vergangenheit zu bewältigen. Frühling merkte an, dass Naoto noch nicht bereit sei, sie zu besiegen, obwohl Magato vorhersagte, dass sie es schließlich schaffen würde.

Naoto