Sacha, ein Pokémon-Trainer aus Alabastia in der Kanto-Region, trifft während eines Besuchs im Okoya-Wald auf Koko. Nachdem er miterlebt, wie Koko nach einem Unfall mit einem Raffel und einer Lianenschaukel einen Wasserfall hinabstürzt, fischt Sacha ihn aus dem Wasser und bringt ihn zur Behandlung in ein Pokémon-Center im nahegelegenen Milfa City. Koko, der in Isolation von Zarude aufgezogen wurde, hatte zuvor keinen Kontakt zu Menschen oder deren Einrichtungen.

Aufgrund seiner Unkenntnis über Menschen erwacht Koko in Panik und flieht aus dem Pokémon-Center. Da Sacha Kokos einzigartige Erziehung und sein Selbstverständnis als Pokémon erkennt, führt er ihn geduldig zusammen mit seinem Pikachu in die menschliche Gesellschaft von Milfa City ein. Sie zeigen ihm die Stadt und helfen ihm, sich an menschliche Bräuche und Umgebungen zu gewöhnen.

Später begleitet Sacha Koko bei einem Treffen mit Zarude, Kokos Ziehelternteil, das Kokos menschliche Herkunft offenbart. Als sie eine Brieftasche der Biotop Company finden, bringt Sacha Koko zum Hauptsitz des Unternehmens. Dort enthüllt Dr. Zed Informationen über Kokos verstorbene menschliche Eltern und scannt Kokos Anhänger, wobei er beschädigte Daten entdeckt, die auf den Standort des Großen Baums hinweisen.

Als Dr. Zed den Okoya-Wald mit einem mechanisierten Angriff auf den Großen Baum bedroht, eilen Sacha und Koko, um ihn aufzuhalten. Sie werden von Dr. Zeds Ariados überwältigt und in einem LKW eingesperrt. Nach ihrer Flucht, die unbeabsichtigt durch Team Rocket unterstützt wird, stellen sich Sacha, Pikachu und Koko Dr. Zed. Während des folgenden Kampfes kämpft Sacha an der Seite von Koko und den versammelten Pokémon gegen Dr. Zeds riesigen Panzer. Koko entfesselt schließlich die Kraft des Dschungels, um den schwer verletzten Zarude zu heilen, was zur Zerstörung des Panzers und Dr. Zeds Gefangennahme beiträgt.

Im Anschluss verlässt Sacha den Okoya-Wald gemeinsam mit Koko. Er beobachtet, wie Koko beschließt, die menschliche Welt zu erkunden und seine doppelte Identität als Mensch und Zarude anzunehmen, während er Zarudes symbolischen Abschied in den heilenden Quellen miterlebt.

Sacha