Satoshi, ein 10-jähriger Pokémon-Trainer aus Alabastia, begibt sich in den Okoya-Wald in der Nähe von Milfa City. Dort trifft er auf Koko, ein Menschenkind, das von dem mystischen Pokémon Zarude aufgezogen wurde. Nachdem Satoshi sieht, wie Koko bei einem Unfall in einen Fluss fällt, rettet er ihn und bringt ihn zur medizinischen Behandlung in ein Pokémon-Center.

Als Koko in der ungewohnten menschlichen Umgebung aufwacht und in Panik gerät, greift Satoshi ein, um ihn zu beruhigen. Da er erkennt, dass Koko mit der menschlichen Gesellschaft nicht vertraut ist, führt Satoshi ihn in verschiedene Aspekte des menschlichen Lebens in Milfa City ein, hilft ihm, sich in der Stadt zurechtzufinden, und erklärt ihm menschliche Bräuche. Während eines Festivals hilft Satoshi Koko dabei, ein Problem zu lösen, bei dem Falinks-Pokémon das Abschießen von Feuerwerken verhinderten.

Später begleitet Satoshi Koko und Zarude zu einem verlassenen Labor, wo sie Hinweise auf Kokos menschliche Eltern entdecken. Als Koko über das Schicksal seiner Eltern verzweifelt, bietet Satoshi Unterstützung an, indem er von seinen eigenen Erfahrungen erzählt, wie Beziehungen die Identität prägen, und ermutigt Koko, indem er ihre Bindungen zu Elternfiguren vergleicht.

Nachdem Dr. Zeds Biotop-Unternehmen den Großen Baum angreift, beteiligt sich Satoshi aktiv an der Verteidigung neben Koko und dem Zarude-Stamm. Er koordiniert mit Pikachu, um Zeds mechanische Waffe durch Ausnutzen ihrer Schwachstelle zu deaktivieren. Nach dem Konflikt hilft Satoshi bei den Wiederherstellungsarbeiten, um den beschädigten Dschungel gemeinsam mit Menschen und Pokémon wiederherzustellen.

Bevor Satoshi den Okoya-Wald verlässt, um seine Reise fortzusetzen, wird er Zeuge von Kokos Entscheidung, die menschliche Welt zu erkunden und dabei seine duale Identität zu akzeptieren. Er beobachtet das harmonische Miteinander von Menschen und Pokémon während der Wiederherstellungsarbeiten und dem anschließenden Geysir-Abschied, den Zarude für Koko erschafft.

Satoshi