In der Spezialfolge "Pocket Monster Crystal: Raikou Ikazuchi no Densetsu" kommt Shinji nicht vor. Die Handlung dreht sich um Jimmy, Marina, Vincent und Eusine, die in einen Konflikt geraten, als die Team-Rocket-Agenten Attila und Hun das legendäre Pokémon Raikou mit einem elektrizitätskontrollierenden Kristall verfolgen. Jimmy, ein Trainer mit einem Tornupto, gerät zunächst mit Marina in einem Pokémon-Center aneinander, bevor sie sich gegen Team Rocket zusammenschließen. Marina führt Misdreavus und Karnimani an und setzt im Kampf Taktiken wie Untergangsgesang ein. Vincent wird als Marinas Freund identifiziert, während Eusine später auftaucht, um die Legende von Raikou und die Geschichte früherer menschlicher Versuche, es zu fangen, zu erzählen.

Shinji