Nagi, ein junger Junge, der in einem Dorf am Fuße eines Vulkans im Japan des frühen 3. Jahrhunderts lebt, wird Zeuge der Zerstörung seines Heimatorts durch die einfallende Yamatai-Armee. General Sarutahiko, der auf Befehl von Königin Himiko handelt, führt den Angriff an, metzelt Nagis Volk nieder und nimmt den Jungen gefangen. Da er eine Ähnlichkeit mit seinem jüngeren Ich erkennt, versklavt Sarutahiko Nagi und entwickelt ein persönliches Interesse an dessen Schicksal.

Sarutahiko trainiert Nagi als geschickten Jäger, mit dem Ziel, den mythischen Phönix zu fangen. Diese Aufgabe dient Himikos Besessenheit von Unsterblichkeit, da das Blut des Phönixes ewiges Leben verleihen soll. Nagis eigene Motivation dreht sich ums Überleben und die verzweifelte Hoffnung, seine ältere Schwester Hinaku wiederzusehen, von der er glaubt, sie sei bei der Invasion ums Leben gekommen.

Jahre später entdeckt Nagi, dass Hinaku lebt. Sie lebt mit Dr. Guzuri (auch Em Dee genannt), dem Spion, dessen Infiltration den Yamatai-Angriff ermöglichte. Hinaku hat Guzuri geheiratet und Kinder mit ihm bekommen. Diese Enthüllung entfacht einen intensiven Konflikt in Nagi: Wut über die Verbindung seiner Schwester mit dem Feind prallt auf die komplizierte Realität ihres Überlebens und ihrer neuen Familie. Trotz seines Zorns entscheidet sich Nagi schließlich, Hinaku und ihre Kinder zu beschützen.

Nagi und Sarutahikos Beziehung entwickelt sich dramatisch. Aus Sklaverei und Groll entsteht eine komplexe Bindung, die der zwischen Vater und Sohn ähnelt. Sarutahikos väterliche Fürsorge kommt zum Vorschein, besonders als er Nagis Qual über Hinaku miterlebt. Dies gipfelt darin, dass Sarutahiko Himikos Befehl widerspricht, Rivalen zu beseitigen, und stattdessen Nagi und die Familie seiner Schwester beschützt.

Die Jagd auf den Phönix bleibt zentral für Nagis Reise. Seine ursprüngliche Mission, angetrieben durch Sarutahikos Zwang, verbindet sich mit seinem persönlichen Wunsch, den Kreislauf der Gewalt und des Verlusts, der aus der Suche nach Unsterblichkeit entsteht, zu beenden. Der Phönix selbst beobachtet diese Kämpfe und symbolisiert den natürlichen Kreislauf von Leben und Tod, der menschlicher Gier gegenübersteht.

Nach Sarutahikos Tod und Himikos Untergang sorgt Nagi dafür, dass Hinaku, Guzuri und ihre Kinder in einer abgeschiedenen Schlucht versteckt sicher sind. Jahre später tritt ihr ältester Sohn aus dem Versteck hervor und trägt das Erbe der Familie in die größere "Yamato"-Geschichte. Nagis Handlungen ermöglichen direkt diese Fortführung der Geschichte über Generationen hinweg.

Nagi