Megatron begann als Bergarbeiter und Gladiator unter der Unterdrückung der Quintesson und kämpfte sich aus den Tiefen Cybertrons empor, um eine Rebellion gegen die Korruption des Planeten zu entfachen. Gemeinsam mit Alpha Trion, Optimus Prime und Ultra Magnus hielt er deren pazifistische Strategien bald für nutzlos und inszenierte Alpha Trions heimliche Ermordung, um die Decepticons als Agenten gewaltsamen Umbruchs zu erschaffen. Sein Kreuzzug für die Befreiung verzerrte sich zu einer Doktrin absoluter Kontrolle, überzeugt davon, dass nur seine eiserne Herrschaft Cybertrons Zukunft retten könne.

Mitten im Bürgerkrieg jagte er nach dem AllSpark – einem Relikt der Schöpfung –, um Autobots gewaltsam in Decepticon-Loyalisten zu verwandeln. Rücksichtsloser Pragmatismus prägte seine Taktiken: Er inhaftierte und exekutierte Ultra Magnus während gescheiterter Verhandlungen, ein Verrat, der Allianzen wie die von Jetfire zerbrechen ließ. Er autorisierte Shockwave, Funken sterbender Decepticon-Soldaten zu ernten, um Projekt Nemesis zu betreiben, ein Kriegsschiff, das neue Welten durch Vernichtung erobern sollte.

Elita-1s Widerstand weckte flüchtige Echos seiner revolutionären Vergangenheit, doch er wies ihre Appelle an die Ehre kalt zurück und stellte Optimus Prime als Cybertrons wahren Zerstörer dar. Obwohl kurzzeitig im Zwiespalt, deutete er Massaker als Opfer für das Überleben und bot Elita-1 eine hohle Partnerschaft in seinem Regime an, bevor sie floh.

Sein Hunger nach Vorherrschaft führte ihn ins Tote Universum, wo er auf Galvatron traf, ein zukünftiges Ich, das ungezügelten Zorn predigte. Die Begegnung stärkte seine Überzeugung, obwohl er später unter Optimus’ Einfluss die Verbindung zu Galvatron kappte. Im Gefolge des AllSpark verbündete er sich mit den Predacons und nutzte die Prophezeiungen der Goldenen Scheibe, um Rivalen durch List und rohe Gewalt auszumanövrieren.

Er tarnte Exekutionen, Funkenraub und ideologische Säuberungen als Akte der Bewahrung, doch die endgültige Ablehnung des AllSpark entlarvte seine Tyrannei. Selbst temporäre Siege und kalkulierte Allianzen konnten seinen moralischen Verfall nicht verbergen und hinterließen sein Erbe als zerbrochenen Spiegel von Cybertrons Ruin.

Megatron