Optimus Prime führt die Autobot-Streitkräfte an. Nach veränderten Ereignissen aus der zweiten Staffel von Transformers: Prime im japanischen Kontinuum, bei denen die Zerstörung der Autobot-Basis verhindert wurde, vereinten sich die Autobots und Decepticons gegen eine neue Bedrohung: die Predacons, die von Shockwave erschaffen, aber später abtrünnig wurden. Um die Predacon-Gefahr im ganzen Universum zu bekämpfen, rüsteten sich Optimus Prime und seine Truppen mit der verbesserten "Hunter Mode"-Rüstung namens "Preda-Armor" aus, die von Ratchet entwickelt wurde. Auf der Verfolgung einer Gruppe von Predacons unter der Führung des Dämonenkaisers Dragotron zur Erde hin, beteiligte sich Optimus Prime an einer entscheidenden Schlacht, die zu Dragotrons Niederlage führte. Dragotron wurde mit der Kraft eines von fünf mystischen Legendiscs unter dem Berg Fuji versiegelt. Nach Dragotrons Gefangenschaft übergab Optimus Prime den Schutz der Erde zwei spezialisierten dreiköpfigen Autobot-Kombiner-Teams, dem Samurai-Team und dem Shinobi-Team, bekannt als Swordbots, bevor er mit den Hauptstreitkräften der Autobots aufbrach, um die verbleibende Predacon-Bedrohung im Kosmos zu bekämpfen.

Als Aktivitäten am Berg Fuji Dragotrons teilweises Erwachen und den Aufstieg seiner vier Oni-Generäle – Budora, Gaidora, Bakudora und Judora – verursachten, koordinierte Optimus Prime die Reaktion aus dem All. Er kontaktierte die erwachten Samurai- und Shinobi-Swordbot-Teams, die jeweils mit den menschlichen Verbündeten Isami Tatewaki und Tobio Fūma zusammenarbeiteten, und beauftragte sie damit, die verbleibenden Legendiscs zu finden und zu sichern, bevor die Predacons sie erlangen konnten. Diese Artefakte waren über historische Zeitperioden auf der Erde verstreut und durch "Time Slip"-Fähigkeiten zugänglich, die an bestimmten Punkten aktiviert wurden. Optimus Prime gab strategische Anweisungen und betonte die dringende Notwendigkeit, zu verhindern, dass die Predacons die Legendiscs in ihre Gewalt brachten, da deren vereinte Kraft Dragotron vollständig wiederbeleben könnte.

Später im Konflikt kehrte Optimus Prime in einer verbesserten Form, "Optimus ExPrime", zur Erde zurück. Diese Form verfügte über erweiterte Fähigkeiten, einschließlich eines Dreifach-Wechsels zwischen Roboter-, Hochgeschwindigkeitszug- und Drachenmodi. Der Drachenmodus, bezeichnet als "Guren Dragon", bot beträchtliche Fähigkeiten im Luftkampf. Optimus ExPrime erhielt zudem die Fähigkeit, sich mit anderen Autobots zu kombinieren. Er führte eine "Renketsu Sanjō Gattai" (Verknüpfte Dreifach-Kombination) mit dem Samurai-Team durch, um "DaiKenzan" zu bilden, und kombinierte sich später mit dem Shinobi-Team zu "DaiGekisou". Diese Kombinationsformen kamen in entscheidenden Schlachten gegen die Predacons zum Einsatz, insbesondere in den finalen Auseinandersetzungen, um Dragotrons Wiederauferstehung und die Pläne der vier Oni zu vereiteln.

Während des gesamten Konflikts blieb Optimus Prime in seiner Rolle als Anführer. Er priorisierte den Schutz der Erde und ihrer menschlichen Bewohner, vertraute spezifische Missionen den Swordbot-Teams und ihren menschlichen Partnern an und bot bei Bedarf Unterstützung und Verstärkung. Seine Handlungen konzentrierten sich darauf, zu verhindern, dass die Predacons die Macht der Legendiscs nutzten, und die Sicherheit aller fühlenden Wesen zu gewährleisten.

Optimus Prime