Himeno, eine Drittklässlerin, zieht mit ihrer Familie in ein weitläufiges, altes Herrenhaus auf dem Land. Anfangs ist sie verzweifelt, weil sie ihre Freunde und das Stadtleben zurücklassen muss, doch bald entdeckt sie drei winzige Ninjas, die dort leben: Akamaki, der sich auf Feuer spezialisiert hat; Aomaki, der über Wasser gebietet; und Kiiromaki, der ein geschickter Handwerker ist. In dem Glauben, Himeno sei eine Prinzessin, schwören sie, ihre Probleme mit ihren elementaren und handwerklichen Fähigkeiten zu lösen.

Diese Ninjas können sich zu verstärkten Formen vereinen: Aomaki und Kiiromaki verschmelzen zu Midorimaki; Akamaki und Aomaki verbinden sich zu Murasakimaki; und Akamaki und Kiiromaki vereinen sich zu Tōmaki (auch Daidaimaki genannt). Als ein gewaltiger Tornado das Herrenhaus bedroht, stellen sich Himeno und die Ninjas der Gefahr, um ihre Familie vor der Zerstörung zu schützen.

Himeno