Masato, Mays jüngerer Bruder, reist mit Ash Ketchum, May und Brock. Er schließt sich der Mission an, Manaphy, den Prinzen des Meeres, zu beschützen, nachdem er die Wasser-Pokémon-Spezialisten der Zirkusfamilie Marina Group und den Pokémon-Ranger Jack Walker kennengelernt hat. Masato hilft der Gruppe, vor Phantom dem Piraten zu fliehen, einem Söldner, der Manaphy wegen seiner Fähigkeit jagt, den Unterwasserpalast Samiya zu finden.

Während Phantoms Angriff flieht Masato mit den anderen durch antike Ruinen, die mit den Menschen des Wassers verbunden sind, den Nachkommen der Erbauer von Samiya. Später besteigt er ein Boot mit der Marina Group und Ashs Begleitern, das nach Samiya unterwegs ist, nachdem Manaphys Notruf es von May getrennt hat und Masato zum Handeln zwingt. Masato beteiligt sich an der Suche nach Manaphy, als es taucht, um Mays verlorenes Bandana zu holen, und steigt mit Lizabeth, Brock und anderen in ein U-Boot. Diese Suche führt sie während einer Mondfinsternis zur Entdeckung von Samiya.

In Samiya wird Masato Zeuge, wie Phantom die Juwelen der Seekrone stiehlt, eine Tat, die Überschwemmungen auslöst und den Tempel zum Sinken bringt. Er flieht mit Lizabeth und Brock im Chaos zum U-Boot und wird von Ash, May und Manaphy getrennt. Masato beobachtet aus dem U-Boot die Wiederauferstehung des Tempels und Manaphys Abschied, bevor er seine Reise mit Ash, May und Brock fortsetzt.

Masato