Koji Onishi, die zentrale menschliche Figur der Serie, sieht seine Welt aus den Fugen geraten, als Megatron und die Predacons seinen Vater, Dr. Onishi, gefangen nehmen. Dieser Akt zwingt Koji in ein Bündnis mit den Autobots, die versprechen, seinen Vater zu retten und die Erde vor den Energieüberfällen der Predacons zu schützen.

Anfangs kämpft Koji mit tiefer Verzweiflung über die Abwesenheit seines Vaters, findet jedoch Trost in T-AI, dem KI-System der Autobots. Er entwickelt eine tiefe Bindung zu Optimus Prime, der eine mentorenhafte und beschützende Rolle einnimmt. Kojis persönliches Engagement verstärkt sich, als die Predacons Dr. Onishi mental ausfragen, um Geheimnisse über uralte cybertronische Ruinen und Artefakte zu extrahieren, wodurch Koji für die Autobot-Mission unverzichtbar wird.

Ein entscheidender Wendepunkt tritt ein, als der Predacon Sky-Byte Dr. Onishi versehentlich während eines Kampfes befreit, was Vater und Sohn wiedervereint. Dr. Onishi stellt daraufhin sein wissenschaftliches Know-how den Autobots zur Verfügung und berät sie bei der Suche nach verstreuten O-Parts. Diese Artefakte bilden eine Karte, die zum mächtigen Orb of Sigma führt. Wiedervereint entwickelt sich Koji von einem trauernden Jugendlichen zu einem aktiven Mitstreiter, der strategische Operationen neben seinem Vater und den Autobots unterstützt.

Koji erweist sich als entscheidend während des Höhepunkts um Fortress Maximus, einen gigantischen Transformer, der auf der Erde versteckt ist. Nachdem der Decepticon Scourge den Riesen mit dem Machtschlüssel Cerebros aktiviert und ihn zu unkontrollierbaren Rasereien veranlasst, besänftigt Kojis herzliches Flehen Fortress Maximus und offenbart dessen Empfänglichkeit für menschliche Biosignaturen. Später, als Galvatron die Energie von Fortress Maximus absaugt und die Kinder der Erde bedroht, hilft Koji dabei, eine weltweite Welle von Kindern zu inspirieren, die ihre Energie bündeln, um den Riesen wieder mit Kraft zu versorgen. Dieser Schub überträgt sich auf Optimus Prime und ermöglicht die endgültige Niederlage Galvatrons.

Nach dem Konflikt sieht Koji, wie die Predacons und Decepticons inhaftiert und an Bord von Fortress Maximus, begleitet von Ultra Magnus, nach Cybertron transportiert werden. Nach der Rettung seines Vaters und der Sicherung der Erde bleibt Koji auf dem Planeten, während sich die Autobots auf den Abflug vorbereiten.

Koji