Kommandant Heikuro Todo befehligt als hochrangiger Offizier der Erdverteidigungsstreitkräfte nach der Erholung der Menschheit vom Gamilas-Konflikt. Seine Position stellt ihn ins strategische Zentrum der militärischen Operationen der Erde, wo er die Verteidigungspolitik und Flotteneinsätze überwacht. Er pflegt eine formelle Beziehung zu der ehemaligen Besatzung der Yamato und zeigt Professionalität bei offiziellen Anlässen, wie etwa wenn er sie über die geplante Außerdienststellung des Schiffes und ihre Versetzung zu verschiedenen Stützpunkten informiert.

Trotz strikter Befolgung des Protokolls zeigt sich in persönlichen Momenten ein unterschwelliger Respekt. Während einer Sitzung des Verteidigungsrats anerkennt er intern Kodais Warnungen vor der herannahenden Bedrohung durch den Weißen Kometen, auch wenn der Rat diese zurückweist. Zu Yuki Mori zeigt er eine gewisse persönliche Verbundenheit und äußert väterliche Besorgnis über ihre bevorstehende Hochzeit mit Kodai. Dennoch bleibt er seiner Pflicht verpflichtet, die Befehle bezüglich des Schicksals der Yamato durchzusetzen.

Seine komplexe Haltung wird während der Meuterei der Besatzung deutlich. Während sein namenloser Adjutant die Übernahme des Schiffes als Verrat vehement verurteilt, bleibt Todos Reaktion auffallend zurückhaltend. Er beobachtet die sich entfaltende Rebellion ohne sofortiges Eingreifen und gestattet stillschweigend den Abflug der Yamato. Dies deutet auf eine stille, unausgesprochene Zustimmung zu ihrer Entscheidung hin, der von der Erdführung ignorierten Bedrohung entgegenzutreten.

Während des verheerenden Angriffs des Kometenimperiums auf die Erde führt er die Verteidigung vom Hauptquartier der Erdverteidigung in Tokio (Megalopolis) aus und koordiniert die Flotteneinsätze, die stark auf das neue Flaggschiff Andromeda angewiesen sind. Er kommt ums Leben, als das Kometenimperium die Verteidigung der Erde überrennt und das Kommandozentrum zerstört.

Kapitän Ryu Hijikata übernimmt vorübergehend das Kommando über die Yamato während ihrer Mission. Nach der Zerstörung seiner Patrouillenflotte durch die Streitkräfte des Kometenimperiums wird er von der Yamato gerettet und anschließend von den Erdverteidigungsstreitkräften zum Kapitän ernannt, nachdem das Schiff wieder offiziell in den Dienst gestellt wird. Er führt das Schiff während der Reise nach Telezart und der anschließenden Schlacht zur Befreiung von Teresa. Hijikata wird während der letzten Schlacht gegen das Kometenimperium in der Nähe der Erde getötet.

Commander