Ultraman Joneus stammt vom Planeten U40 im Nebel M78-Universum. Während einer kritischen Weltraummission trifft er auf den Astronauten Choichiro Hikari und schlägt eine Verschmelzung vor, nachdem Hikaris Raumschiff einen Unfall hatte, um drohende außerirdische Gefahren für die Erde zu bekämpfen. Diese Fusion ermöglicht es Hikari, sich bei Bedarf in den 40 Meter großen Ultraman Joneus zu verwandeln, während er im Alltag seine menschliche Identität beibehält.

Joneus arbeitet mit der Science Guard Party, einem Erdverteidigungsteam, das mysteriöse Lichtphänomene weltweit untersucht. Seine Hauptaufgabe ist es, die Erde vor Kaiju und außerirdischen Invasoren zu schützen. Anders als andere Ultramänner besitzt Joneus keine separate menschliche Form; seine Existenz bleibt untrennbar mit Hikari verbunden, der während der Verwandlungen bei vollem Bewusstsein bleibt. Zu seinen Fähigkeiten gehören Fliegen, übermenschliche Kraft, Energieprojektion und der Einsatz des Ultra-Stern-Armbands für spezielle Angriffe.

In seinen Kämpfen steht Joneus Gegnern wie dem Heller-Imperium und anderen kosmischen Mächten gegenüber. Seine Reise umfasst Erkundungen des Planeten U40, die seine Herkunft und die breitere Ultra-Zivilisation offenbaren. Die Geschichte des Charakters betont Pflicht und Opferbereitschaft, insbesondere durch die symbiotische Bindung mit Hikari, der sein menschliches Leben mit seiner Rolle als Beschützer der Erde in Einklang bringen muss.

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