Athrun Zala wurde am 29. Oktober des Cosmic Era 55 in der PLANT-Kolonie December City geboren. Sein Vater Patrick Zala schickte ihn im Jahr 61 C.E. zum Studium nach Copernicus City auf dem Mond, wo er eine enge Freundschaft mit Kira Yamato schloss. Bevor er im Jahr 68 C.E. zu den PLANTS zurückkehrte, baute Athrun einen Roboter-Vogel namens Birdy als Abschiedsgeschenk für Kira. Nach seiner Rückkehr arrangierte Patrick die Verlobung Athruns mit der PLANT-Popidol Lacus Clyne. Athrun fertigte für Lacus einen rosa Roboterbegleiter namens Haro an und produzierte schließlich mehrere Haros in verschiedenen Farben für sie.

Die Tragödie des Bloody Valentine am 14. Februar des Jahres 70 C.E. forderte das Leben von Athruns Mutter, was ihn dazu veranlasste, sich am 21. Februar an der ZAFT-Militärakademie einzuschreiben. Dort glänzte er sowohl akademisch als auch körperlich und belegte den ersten Platz in Mobile-Suit-Pilotenausbildung, Nahkampf und Messerkampf, wobei er sogar renommierte Ausbilder übertraf. Er schloss als bester Kadett ab, knapp vor Yzak Joule – ein Ergebnis, das Yzaks Feindseligkeit schürte. Athrun wurde dem Team von Rau Le Creuset zugeteilt, wo er Freundschaft mit Nicol Amalfi und Rusty Mackenzie schloss. Im Gegensatz zu seinem Vater hatte er unterschiedliche Ansichten gegenüber Naturals.

Während des Überfalls auf Heliopolis, um Mobile Suits der Earth Alliance zu stehlen, übernahm Athrun die Kontrolle über den GAT-X303 Aegis Gundam. Er traf auf Kira Yamato, der den GAT-X105 Strike Gundam pilotierte, um Freunde an Bord der Archangel zu schützen, was ihre Freundschaft belastete, als Athrun Kira wiederholt aufforderte, zu ZAFT überzulaufen, und dabei ihre gemeinsame Coordinator-Herkunft betonte. Kiras Weigerung eskalierte ihre Kämpfe. Als Lacus Clyne kurzzeitig von der Archangel-Crew als Geisel genommen wurde, verstärkte sich Athruns Entschlossenheit gegen die Earth Alliance. Nach Lacus' Rückkehr schwor er, Kira in ihrer nächsten Begegnung zu töten.

Der Tod von Nicol Amalfi durch Kiras Hand trieb Athrun zu einem von Trauer geprägten Duell, in dem er scheinbar Kira und den Strike durch die Selbstzerstörung seines Aegis vernichtete. Auf einer Insel gestrandet, traf er auf Cagalli Yula Athha. Anfängliche Konflikte mündeten in einen Waffenstillstand, in dem sie gegensätzliche Kriegsperspektiven diskutierten, ohne ihre Identitäten zu kennen. Später entdeckte Athrun, dass Cagalli die Prinzessin von Orb war, während einer Mission nahe dem Orb-Territorium.

Befördert und mit dem ZGMF-X09A Justice Gundam von Patrick ausgestattet, erhielt Athrun den Befehl, den gestohlenen ZGMF-X10A Freedom Gundam von Lacus zurückzuholen und sie zu eliminieren. Die Entdeckung, dass Kira am Leben war und den Freedom pilotierte, ließ ihn seine Mission hinterfragen. Eine Konfrontation mit Patrick enthüllte genozidale Pläne gegen Naturals; Athrun verweigerte die Zusammenarbeit und wurde inhaftiert. Von der Clyne-Fraktion befreit, desertierte er aus ZAFT und schloss sich der Three Ships Alliance mit Kira, Lacus und Cagalli an. Im Höhepunkt des Krieges zerstörte er die GENESIS-Superwaffe, indem er den Justice in ihr zur Explosion brachte.

Zwei Jahre später, während des Zweiten Bloody Valentine-Kriegs, lebte Athrun inkognito als Alex Dino und diente als Cagallis Leibwächter in Orb. Auf Bitte von Vorsitzendem Gilbert Durandal trat er ZAFT erneut bei, um weitere Konflikte zu verhindern. Als FAITH-Offizier und Kommandant der Minerva pilotierte er den ZGMF-X23S Saviour Gundam und mentorierte Shinn Asuka, obwohl ideologische Differenzen zu Spannungen führten. Nachdem Kira den Saviour zerstört und Durandal ihn als Verräter brandmarkte, floh Athrun mit Meyrin Hawke aus ZAFT. Von der Archangel gerettet, erhielt er den ZGMF-X19A Infinite Justice Gundam von Lacus und schloss sich erneut Kiras Fraktion an. Er half bei der Zerstörung der Requiem-Superwaffe und besiegte Shinn im finalen Kampf gegen Durandal.

Im Post-Destiny-Film arbeitete Athrun heimlich für Terminal, anstatt COMPASS beizutreten. Mit einem modifizierten Z'Gok deckte er die Verschwörung der Foundation auf, Requiem zu reaktivieren und den Destiny-Plan umzusetzen. Später half er Kira und COMPASS während eines Hinterhalts und enthüllte, dass sein Z'Gok den aufgerüsteten Infinite Justice Type II beherbergte. In einem entscheidenden Duell gegen den Foundation-As Shura Serpentine widerstand Athrun Shuras Gedankenkontrolle, indem er sich auf eine intime Fantasie von Cagalli konzentrierte – was Shuras Fokus störte und ihm den Sieg ermöglichte. Nach dem Konflikt fand er mit Cagalli auf der Erde zusammen, wobei ihre fortwährende Beziehung durch ihren Ring, den er ihr schenkte, bestätigt wurde.

Athrun bewies durchgängig außergewöhnliche Pilotenfähigkeiten in verschiedenen Mobile Suits, von Nahkampfspezialisten wie der Aegis- und Justice-Serie bis hin zu Allzweck-Einheiten wie dem ZAKU Warrior. Sein technisches Talent zeigte sich in Roboterprojekten wie Birdy und den Haros. Während seiner Reise navigierte er durch Loyalitätskonflikte, moralische Grauzonen und Kriegstraumata. Vom pflichtbewussten ZAFT-Soldaten entwickelte er sich zu einem unabhängigen Agenten, der sich auf die Beendigung von Gewaltzyklen konzentrierte, und vermittelte oft zwischen gegnerischen Kräften wie Kira und Shinn.

Athrun Zala