Nach dem Sieg gegen Lucemon kehren Takuya & co. wieder in die reale Welt zurück mit dem Gedanke, die Digiwelt sei gerettet. Jedoch scheint dies nicht der Fall zu sein, denn kurz danach wird eine weitere Person auf die dunkle Seite gezogen, wovon die sechs nichts erfahren. Durch eine SMS nach vier Jahren gelangen sie wieder in die Digiwelt, in der sie sowohl von den heiligen Digiengel als auch von anderen Digimon konfrontiert werden. Ihre Aufgabe besteht darin, die Digiwelt erneut vom Unheil zu bewahren. In neue Zonen müssen sie reisen und Personen mit unglaublichen Kräften werden ihnen zur Seite stehen. Nicht nur das Böse spielt hier eine große Rolle, sondern ebenso die Liebe. Werden sie alle Hürden überstehen und die Digiwelt erneut retten können?