"A Certain Scientific Railgun" ist ein Manga, der im futuristischen Akademischen Stadtstaat spielt, einem Ort, der für seine fortgeschrittenen wissenschaftlichen Forschungen und die Entwicklung von Esper-Fähigkeiten bekannt ist. Die Handlung konzentriert sich auf Mikoto Misaka, eine der stärksten Esper der Stadt, die über die Fähigkeit verfügt, Elektrizität zu manipulieren. Sie ist auch als "Railgun" bekannt, da sie Münzen mit elektromagnetischer Kraft auf Überschallgeschwindigkeit beschleunigen kann.

Mikoto ist Schülerin an der Tokiwadai-Mittelschule, einer Eliteeinrichtung für begabte Esper. Zusammen mit ihrer Freundin Kuroko Shirai, einem Mitglied des Disziplinarkomitees, das über Teleportation verfügt, erlebt sie verschiedene Abenteuer und ermittelt in mysteriösen Vorfällen innerhalb der Stadt. Die Geschichten reichen von alltäglichen Schulaktivitäten bis hin zu gefährlichen Konflikten mit kriminellen Organisationen und geheimen Experimenten.

Ein zentraler Handlungsstrang befasst sich mit dem "Sisters Project", einem geheimen Experiment, bei dem Klone von Mikoto geschaffen wurden, um ihre DNA für die Entwicklung eines Systems zur Steigerung von Esper-Fähigkeiten zu nutzen. Mikoto erfährt von diesem Projekt und beschließt, es zu stoppen, um ihre Klone zu schützen. Dabei kommt es zu Konfrontationen mit den Verantwortlichen des Experiments, darunter Wissenschaftler und andere mächtige Esper.

Neben Mikoto und Kuroko spielen weitere Charaktere eine wichtige Rolle, darunter Kazari Uiharu, eine technisch begabte Schülerin, und Ruiko Saten, eine Freundin ohne Esper-Fähigkeiten, die jedoch durch ihre Neugier und Entschlossenheit in die Ereignisse verwickelt wird. Die Dynamik zwischen den Charakteren und ihre unterschiedlichen Persönlichkeiten tragen zur Entwicklung der Handlung bei.

Der Manga verbindet Elemente von Action, Science-Fiction und Mystery mit einer Prise Humor und Alltagszenen. Die Handlung ist eng mit dem größeren "Toaru"-Universum verknüpft, das auch in anderen Werken wie "A Certain Magical Index" weiter ausgebaut wird. Dennoch bleibt "A Certain Scientific Railgun" eigenständig und fokussiert sich auf die Perspektive von Mikoto und ihren Freunden, während es die komplexe Welt des Akademischen Stadtstaats erkundet.