"Macross II (Manga)" spielt in einer alternativen Zukunft, die sich von der ursprünglichen "Macross"-Zeitlinie unterscheidet. Die Handlung beginnt im Jahr 2092, etwa 80 Jahre nach dem ersten Krieg gegen die Zentradi. Die Menschheit lebt in Frieden, doch dieser wird durch die Ankunft einer neuen Bedrohung, der Marduk, erschüttert. Die Marduk sind eine mysteriöse außerirdische Rasse, die von der Sängerin Ishtar angeführt wird. Sie behaupten, die wahren Erben der Protokultur zu sein, einer alten Zivilisation, die sowohl die Menschheit als auch die Zentradi beeinflusst hat.

Die Geschichte konzentriert sich auf Hibiki Kanzaki, einen jungen Journalisten, der zufällig in die Konflikte zwischen den Menschen und den Marduk verwickelt wird. Hibiki wird Zeuge eines Angriffs der Marduk auf die Erde und trifft dabei auf Silvie Gena, eine Pilotin der UN Spacy, die gegen die Eindringlinge kämpft. Im Laufe der Ereignisse entwickelt sich eine komplexe Beziehung zwischen Hibiki, Silvie und Ishtar, die von Loyalität, Verrat und unerwarteten Allianzen geprägt ist.

Die Marduk verfolgen das Ziel, die Protokultur-Technologie zu kontrollieren, die in den Macross-Städten der Erde verborgen ist. Ishtar, die als Botschafterin der Marduk fungiert, steht im Konflikt zwischen ihrer Pflicht gegenüber ihrer Rasse und ihren wachsenden Gefühlen für die Menschheit, insbesondere für Hibiki. Die Handlung erforscht Themen wie kulturelle Identität, die Folgen von Krieg und die Macht der Musik, die in der "Macross"-Reihe eine zentrale Rolle spielt.

Die UN Spacy, die Verteidigungsstreitkräfte der Erde, kämpfen verzweifelt gegen die überlegene Technologie der Marduk. Dabei spielen die transformierbaren Valkyrie-Kampfjets eine entscheidende Rolle im Kampfgeschehen. Die Charaktere müssen nicht nur physische Schlachten bestehen, sondern auch mit ihren inneren Konflikten und moralischen Dilemmata umgehen. Die Handlung gipfelt in einem epischen Konflikt, der das Schicksal der Erde und die Zukunft der Protokultur bestimmt.