"Naruto: Sakura's Story" ist ein Manga, der sich auf die Figur Sakura Haruno konzentriert und nach den Ereignissen des Hauptmangas "Naruto" spielt. Die Handlung beginnt mit Sakura, die als Medizinerin im Krankenhaus von Konohagakure arbeitet und sich weiterhin um die Genesung von Sasuke Uchiha kümmert, der nach seinen Reisen außerhalb des Dorfes zurückgekehrt ist. Sasuke zeigt jedoch wenig Interesse an ihrer Fürsorge und zieht es vor, allein zu sein, was Sakura verunsichert und traurig macht.

Währenddessen wird Sakura mit einer neuen Herausforderung konfrontiert, als ein mysteriöser Mann namens Kido auftaucht, der behauptet, eine fortschrittliche medizinische Technik zu besitzen, die das Potenzial hat, das Leben vieler Menschen zu retten. Kido ist jedoch nicht das, was er zu sein scheint, und seine wahren Absichten werden schnell deutlich. Er führt eine Gruppe von Kriminellen an, die eine gefährliche Substanz namens "Todesschatten" verwenden, um ihre Ziele zu erreichen. Diese Substanz verleiht den Benutzern immense Kraft, hat aber verheerende Nebenwirkungen, die zum Tod führen können.

Sakura beschließt, Kidos Machenschaften zu stoppen und begibt sich auf eine Mission, um die Wahrheit über seine Technik und seine Pläne aufzudecken. Dabei wird sie von Naruto Uzumaki und Sai unterstützt, die ihr helfen, die Bedrohung zu bekämpfen. Während der Mission zeigt Sakura nicht nur ihre medizinischen Fähigkeiten, sondern auch ihre Stärke als Kämpferin, was ihre Entwicklung seit den früheren Tagen als Genin unterstreicht.

Die Geschichte thematisiert Sakuras inneren Konflikt zwischen ihrer Pflicht als Medizinerin, Leben zu retten, und ihrer Rolle als Shinobi, die manchmal gezwungen ist, zu töten, um andere zu schützen. Gleichzeitig wird ihre Beziehung zu Sasuke weiter erforscht, wobei sie sich mit ihren Gefühlen und der Distanz zwischen ihnen auseinandersetzt. Sasuke, der sich seiner eigenen Schuld und Vergangenheit bewusst ist, bleibt distanziert, zeigt jedoch Anzeichen von Sorge um Sakura, als sie in Gefahr gerät.

Am Ende gelingt es Sakura, Kidos Pläne zu vereiteln und die Bedrohung durch den Todesschatten zu beseitigen. Die Geschichte schließt mit einem Moment der Reflexion für Sakura, die erkennt, dass sie sowohl als Medizinerin als auch als Shinobi einen wichtigen Beitrag leisten kann, ohne ihre Werte zu opfern. Ihre Beziehung zu Sasuke bleibt komplex, aber es gibt Anzeichen für eine mögliche Annäherung zwischen den beiden.