"Nogizaka Haruka no Himitsu" ist eine Manga-Serie, die von den Herausforderungen und Entwicklungen einer ungewöhnlichen Beziehung zwischen zwei Schülern handelt. Die Protagonistin, Haruka Nogizaka, ist die perfekte Schülerin: intelligent, hübsch und aus einer wohlhabenden Familie. Sie gilt als das Idealbild einer jungen Frau und wird von ihren Mitschülern bewundert. Doch hinter ihrer makellosen Fassade verbirgt sich ein Geheimnis: Haruka ist ein leidenschaftlicher Fan von Anime, Manga und Otaku-Kultur, was sie sorgfältig vor der Außenwelt verbirgt, um ihr Image zu wahren.

Der männliche Protagonist, Yūto Ayase, ein durchschnittlicher Schüler, entdeckt zufällig Harukas Geheimnis, als er sie in einem Cosplay-Geschäft trifft. Anstatt ihr Geheimnis zu verraten, verspricht Yūto, es für sich zu behalten, und die beiden entwickeln eine enge Freundschaft. Im Laufe der Serie wird Yūto zu Harukas Vertrauten und unterstützt sie dabei, ihre Leidenschaft für Otaku-Kultur auszuleben, während sie gleichzeitig versucht, ihre Identität als "perfekte Schülerin" aufrechtzuerhalten.

Die Handlung konzentriert sich auf die allmähliche Vertiefung der Beziehung zwischen Haruka und Yūto, wobei sie gemeinsam verschiedene Herausforderungen meistern, die sich aus Harukas Doppelleben ergeben. Dazu gehören Situationen, in denen Harukas Geheimnis fast aufgedeckt wird, sowie Momente, in denen sie ihre Interessen offener ausleben kann, insbesondere durch die Unterstützung von Yūto. Neben der Hauptgeschichte gibt es auch Nebenhandlungen, die andere Charaktere einbeziehen, darunter Harukas Freundinnen und Rivalinnen, die ihre eigenen Gefühle und Motivationen haben.

Die Serie thematisiert Themen wie Selbstakzeptanz, Freundschaft und die Balance zwischen gesellschaftlichen Erwartungen und persönlichen Leidenschaften. Harukas Entwicklung zeigt, wie sie allmählich lernt, ihre Interessen nicht mehr zu verstecken, während Yūto eine wichtige Rolle als Unterstützer und Freund spielt. Die Dynamik zwischen den Charakteren und die humorvollen sowie herzlichen Momente tragen zur Attraktivität der Serie bei, ohne dabei die Herausforderungen und Konflikte zu vernachlässigen, die sich aus Harukas Situation ergeben.