"Dankon Tō" ist eine Manga-Serie, die in einer dystopischen Zukunft spielt, in der die Gesellschaft von einer strengen Klassengesellschaft geprägt ist. Die Handlung dreht sich um die Stadt Dankon Tō, eine hochtechnisierte Metropole, die in verschiedene Zonen unterteilt ist, die jeweils unterschiedlichen sozialen Schichten zugeordnet sind. Die oberste Zone, bekannt als die "Elite-Zone", wird von den Reichen und Mächtigen bewohnt, während die unterste Zone, die "Schatten-Zone", von den Ärmsten und Ausgestoßenen der Gesellschaft bewohnt wird.

Der Protagonist der Geschichte ist ein junger Mann namens Kaito, der in der Schatten-Zone aufwächst. Kaito ist ein begabter Hacker, der sich seinen Lebensunterhalt damit verdient, in die Systeme der Elite-Zone einzudringen und Informationen zu stehlen. Eines Tages stößt er auf ein geheimes Projekt der Regierung, das darauf abzielt, die Kluft zwischen den sozialen Schichten zu vergrößern und die Macht der Elite zu festigen. Kaito beschließt, gegen dieses System zu kämpfen, und schließt sich einer Gruppe von Rebellen an, die sich "Die Schatten" nennen.

Die Gruppe besteht aus verschiedenen Charakteren, die jeweils ihre eigenen Fähigkeiten und Hintergründe mitbringen. Da ist zum Beispiel Yuna, eine ehemalige Soldatin, die aufgrund ihrer Weigerung, unmoralische Befehle auszuführen, aus der Elite-Zone verbannt wurde. Dann gibt es Riku, einen jungen Wissenschaftler, der sich der Gruppe anschließt, um seine Erfindungen für den Kampf gegen die Unterdrückung einzusetzen. Zusammen planen sie eine Reihe von Angriffen auf die Infrastruktur der Elite-Zone, um das System von innen heraus zu destabilisieren.

Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass die Regierung nicht nur technologische, sondern auch biologische Experimente durchführt, um die Kontrolle über die Bevölkerung zu verstärken. Diese Experimente führen zur Entstehung von sogenannten "Modifizierten", Menschen, die mit übermenschlichen Fähigkeiten ausgestattet sind, aber oft unter schweren Nebenwirkungen leiden. Kaito und seine Gruppe müssen nicht nur gegen die Regierung, sondern auch gegen diese Modifizierten kämpfen, die als Werkzeuge der Unterdrückung eingesetzt werden.

Die Handlung entwickelt sich zu einem komplexen Netz aus Intrigen, Verrat und moralischen Dilemmata, während Kaito und seine Gefährten versuchen, die Wahrheit über die Regierung und ihre Pläne aufzudecken. Dabei werden sie immer wieder mit der Frage konfrontiert, wie weit sie gehen dürfen, um ihre Ziele zu erreichen, und ob der Endsatz die Mittel rechtfertigt. Die Serie thematisiert dabei auch die Auswirkungen von sozialer Ungleichheit und die Macht der Technologie in einer zunehmend digitalisierten Welt.