"Neon Genesis Evangelion (Manga)" ist eine Adaption der gleichnamigen Anime-Serie, geschrieben und illustriert von Yoshiyuki Sadamoto. Die Handlung spielt in einer dystopischen Zukunft, in der die Menschheit nach einem katastrophalen Ereignis, bekannt als der "Second Impact", ums Überleben kämpft. Dieser Vorfall führte zu massiven Umweltveränderungen und dem Zusammenbruch der Zivilisation. Die verbleibende Menschheit wird von mysteriösen Wesen, den sogenannten "Engeln", bedroht, die regelmäßig Angriffe auf die Stadt Tokyo-3 starten.

Um sich gegen die Engel zu verteidigen, entwickelt die Organisation NERV riesige biomechanische Roboter, die Evangelions (EVAs), die von ausgewählten Piloten gesteuert werden. Der Protagonist, Shinji Ikari, ein 14-jähriger Junge, wird von seinem distanzierten Vater, Gendo Ikari, dem Leiter von NERV, rekrutiert, um den EVA-01 zu pilotieren. Shinji ist zunächst widerwillig, übernimmt jedoch die Verantwortung, nachdem er die Zerstörungswut der Engel miterlebt hat.

Im Laufe der Geschichte wird Shinji von anderen Piloten begleitet, darunter die zurückhaltende und introvertierte Rei Ayanami, die den EVA-00 steuert, und die temperamentvolle Asuka Langley Soryu, die den EVA-02 kontrolliert. Die Dynamik zwischen den Charakteren ist von komplexen Beziehungen und psychologischen Konflikten geprägt. Shinji kämpft mit Selbstzweifeln und dem Bedürfnis nach Anerkennung, während Rei und Asuka ihre eigenen emotionalen und existenziellen Krisen durchleben.

Die Handlung vertieft sich in die Hintergründe der Engel, die scheinbar mit einem mysteriösen Plan namens "Human Instrumentality Project" verbunden sind, der von NERV und dessen übergeordneter Organisation, SEELE, verfolgt wird. Dieses Projekt zielt darauf ab, die menschliche Existenz zu transformieren, indem die individuellen Seelen der Menschen in einer einzigen, kollektiven Bewusstseinsform vereint werden. Die genauen Ziele und Methoden des Projekts bleiben lange Zeit undurchsichtig und werden erst im Verlauf der Geschichte enthüllt.

Die Erzählung kombiniert Actionsequenzen, in denen die EVAs gegen die Engel kämpfen, mit tiefgründigen psychologischen und philosophischen Themen. Fragen nach Identität, Einsamkeit, der Natur der menschlichen Existenz und den Auswirkungen von Technologie und Wissenschaft auf die Gesellschaft werden durch die Charaktere und ihre Entwicklungen erforscht. Die Handlung wird zunehmend komplex, da die Grenzen zwischen Realität, Illusion und den inneren Welten der Charaktere verschwimmen.

Der Manga bleibt der Grundidee der Anime-Serie treu, bietet jedoch eine eigenständige Interpretation der Charaktere und Ereignisse. Die Beziehung zwischen Shinji und seinem Vater wird detaillierter dargestellt, und die psychologischen Aspekte der Charaktere werden tiefer ausgearbeitet. Die Geschichte endet mit einer Auflösung, die sowohl die physischen als auch die emotionalen Konflikte der Charaktere abschließt, während sie Raum für Interpretationen offenlässt.