"Demon Lord 2099" spielt in einer dystopischen Zukunft, in der die Welt von technologischen Fortschritten und sozialem Zerfall geprägt ist. Die Handlung dreht sich um den Protagonisten, einen ehemaligen Dämonenlord, der in einer postapokalyptischen Stadt wiedererwacht. Diese Stadt, bekannt als Neo-Babylon, ist ein Schmelztiegel aus Hochtechnologie, Korruption und Überlebenskampf. Der Dämonenlord, der einst über eine mächtige Armee und unermessliche Kräfte verfügte, findet sich in einer Welt wieder, in der seine früheren Fähigkeiten durch die fortschrittliche Technologie der Menschen herausgefordert werden.

Die Geschichte beginnt mit dem Erwachen des Dämonenlords in den Ruinen eines alten Tempels, der von einer geheimnisvollen Organisation ausgegraben wurde. Diese Organisation, bekannt als "Eclipse", hat es sich zur Aufgabe gemacht, alte Mächte zu kontrollieren und für ihre eigenen Zwecke zu nutzen. Der Dämonenlord, der sich an seine Vergangenheit nur bruchstückhaft erinnert, wird von Eclipse als Bedrohung angesehen und gejagt. Gleichzeitig versucht er, seine verlorenen Kräfte zurückzugewinnen und die Wahrheit über seine Wiedergeburt zu enthüllen.

Im Laufe der Handlung trifft der Dämonenlord auf verschiedene Charaktere, die seine Reise beeinflussen. Dazu gehört eine junge Hackerin namens Aya, die sich ihm aus eigenem Interesse anschließt. Aya ist eine Überlebenskünstlerin, die in den untersten Schichten von Neo-Babylon lebt und über ein tiefes Wissen über die Technologie und die geheimen Machenschaften der Stadt verfügt. Ein weiterer wichtiger Charakter ist der Anführer von Eclipse, ein rätselhafter Mann namens Zane, der über fortschrittliche Cybernetik verfügt und eine persönliche Verbindung zur Vergangenheit des Dämonenlords zu haben scheint.

Die Handlung entwickelt sich zu einem komplexen Geflecht aus Intrigen, Kämpfen und Enthüllungen. Der Dämonenlord muss sich nicht nur gegen die Bedrohungen von Eclipse behaupten, sondern auch gegen andere wiedererwachte Wesen aus seiner Vergangenheit, die ihre eigenen Ziele verfolgen. Die Stadt Neo-Babylon selbst wird als lebendiger Charakter dargestellt, dessen technologische Wunder und dunkle Geheimnisse die Handlung vorantreiben. Die Serie erforscht Themen wie Macht, Identität und die Auswirkungen von Technologie auf die menschliche Gesellschaft, während der Dämonenlord versucht, seinen Platz in dieser neuen Welt zu finden.