"Danganronpa Another Episode: Ultra Despair Girls (Manga)" ist eine Adaption des gleichnamigen Spin-off-Spiels der "Danganronpa"-Reihe. Die Handlung spielt in einer dystopischen Welt, in der die Stadt Towa City von einer Gruppe von Kindern, den "Warriors of Hope", übernommen wurde. Diese Kinder, die selbst Opfer von Missbrauch und Vernachlässigung waren, haben sich gegen die Erwachsenenwelt aufgelehnt und eine brutale Herrschaft errichtet. Sie nutzen Roboter, sogenannte "Monokuma", um ihre Ziele durchzusetzen und die Erwachsenen zu unterdrücken.

Die Protagonistin der Geschichte ist Komaru Naegi, die Schwester von Makoto Naegi, dem Protagonisten des ersten "Danganronpa"-Spiels. Komaru wurde monatelang in einer Wohnung gefangen gehalten, ohne zu wissen, warum. Als ihre Gefangenschaft endet, findet sie sich inmitten des Chaos in Towa City wieder. Sie trifft auf Toko Fukawa, eine ehemalige Schülerin der Hope's Peak Academy, die eine zweite Persönlichkeit namens Genocide Jack besitzt, eine Serienmörderin. Zusammen versuchen die beiden, die Stadt zu durchqueren und den Kindern zu entkommen, während sie gleichzeitig versuchen, die Wahrheit hinter der Rebellion zu enthüllen.

Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass die "Warriors of Hope" von einer mysteriösen Figur namens Monaca Towa manipuliert werden, dem Erben des Towa-Konzerns, der die Stadt kontrolliert. Monaca hat die Kinder mit falschen Versprechungen und Ideologien beeinflusst, um ihre eigenen Ziele zu erreichen. Komaru und Toko müssen nicht nur gegen die Roboter und die Kinder kämpfen, sondern auch gegen ihre eigenen Ängste und Unsicherheiten.

Die Handlung thematisiert Themen wie Hoffnung, Verzweiflung, die Auswirkungen von Trauma und die moralischen Grauzonen in einer von Gewalt geprägten Welt. Die Charaktere entwickeln sich im Laufe der Geschichte weiter, insbesondere Komaru, die von einer ängstlichen, passiven Figur zu einer entschlossenen Kämpferin wird. Toko hingegen muss sich mit ihrer eigenen dunklen Vergangenheit und ihrer zweiten Persönlichkeit auseinandersetzen.

Die Geschichte ist geprägt von intensiven Action-Sequenzen, psychologischen Konflikten und unerwarteten Wendungen. Sie bietet eine tiefere Einsicht in die Welt von "Danganronpa" und erweitert das Universum um neue Perspektiven und Charaktere.