"Assassin Class (Manga)" handelt von einer Gruppe von Schülern, die an einer geheimen Akademie ausgebildet werden, um professionelle Attentäter zu werden. Die Handlung spielt in einer dystopischen Welt, in der Regierungen und mächtige Organisationen im Verborgenen operieren und Attentäter als Werkzeuge für ihre Ziele einsetzen. Die Akademie, an der die Schüler ausgebildet werden, ist streng hierarchisch aufgebaut und fördert sowohl körperliche als auch geistige Fähigkeiten, um die Schüler zu effizienten und emotionslosen Killern zu formen.

Die Hauptfigur ist ein junger Schüler namens Kaito, der aufgrund seiner außergewöhnlichen Fähigkeiten und seines kalten, berechnenden Verhaltens schnell auffällt. Kaito hat eine dunkle Vergangenheit, die ihn dazu gebracht hat, sich für die Akademie zu entscheiden, und er ist entschlossen, seine Fähigkeiten zu perfektionieren, um seine eigenen Ziele zu erreichen. Neben Kaito gibt es eine Reihe von Nebenfiguren, darunter Mitschüler, die sowohl Rivalen als auch Verbündete sind, sowie Lehrer, die ihre eigenen verborgenen Agenden verfolgen.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von Missionen, die die Schüler absolvieren müssen, um ihre Fähigkeiten unter Beweis zu stellen. Diese Missionen sind oft tödlich und erfordern nicht nur körperliche Stärke, sondern auch strategisches Denken und Manipulation. Im Laufe der Geschichte werden die komplexen Beziehungen zwischen den Schülern und ihren Ausbildern sowie die politischen Machenschaften im Hintergrund immer deutlicher. Es gibt zahlreiche Wendungen und Enthüllungen, die die Loyalitäten der Charaktere in Frage stellen und die moralischen Grenzen ihrer Handlungen aufzeigen.

Ein zentrales Thema der Serie ist der Konflikt zwischen Pflicht und persönlichem Wunsch, da die Schüler oft gezwungen sind, Entscheidungen zu treffen, die ihre eigenen Überzeugungen und Beziehungen gefährden. Die Handlung ist geprägt von Spannung, Action und psychologischen Elementen, die die Entwicklung der Charaktere und ihre Motivationen vertiefen. "Assassin Class" bietet eine düstere und faszinierende Erzählung über Macht, Loyalität und die Konsequenzen des Tötens in einer Welt, in der Moral oft zweitrangig ist.