Die Manga-Serie ".hack//Link" spielt in der virtuellen Welt von "The World R:X", einem Online-Rollenspiel, das von Millionen von Spielern genutzt wird. Der Protagonist, Tokio Kuryuu, ein Schüler, der sich für das Spiel interessiert, wird von seinem Freund Shugo in die Spielwelt eingeführt. Tokio erhält einen mysteriösen Avatar namens "Loki", der über einzigartige Fähigkeiten verfügt und mit einer seltenen Waffe ausgestattet ist. Bald stellt sich heraus, dass Loki eine Verbindung zu den legendären "Epitaph Users" hat, einer Gruppe von Spielern, die in der Vergangenheit entscheidende Ereignisse in "The World" beeinflusst haben.

Im Laufe der Handlung wird Tokio in eine komplexe Verschwörung hineingezogen, die die Grenzen zwischen Realität und virtueller Welt verschwimmen lässt. Er trifft auf verschiedene Charaktere, darunter Akira Hayami, eine Spielerin, die sich als "Schwarzes Ritter" tarnt, und andere bekannte Figuren aus früheren ".hack"-Werken wie Kite und Haseo. Diese Charaktere spielen eine Schlüsselrolle bei der Aufklärung der Geheimnisse, die "The World R:X" umgeben.

Ein zentrales Element der Handlung ist die Existenz von "AIDA", einer mysteriösen Entität, die die Spielwelt infiltriert und sowohl Spieler als auch NPCs bedroht. Tokio und seine Verbündeten müssen herausfinden, wie sie AIDA bekämpfen können, während sie gleichzeitig die wahren Absichten der Entwickler von "The World R:X" aufdecken. Die Handlung ist geprägt von Zeitreisen, alternativen Realitäten und der Frage, ob die virtuelle Welt tatsächlich von der realen Welt getrennt ist.

Die Charakterentwicklung konzentriert sich stark auf Tokio, der im Laufe der Serie nicht nur seine Fähigkeiten als Spieler verbessert, sondern auch mehr über seine eigene Rolle in der Geschichte von "The World" erfährt. Die Interaktionen mit anderen Spielern und die Konfrontationen mit AIDA tragen dazu bei, die Tiefe der virtuellen Welt und ihrer Bewohner zu erkunden. Die Serie verbindet Elemente aus früheren ".hack"-Werken und bietet gleichzeitig eine eigenständige Erzählung, die sowohl neue als auch langjährige Fans anspricht.