"A Certain Scientific Accelerator" ist ein Manga, der im selben Universum wie "A Certain Magical Index" und "A Certain Scientific Railgun" spielt. Die Handlung konzentriert sich auf Accelerator, einen der stärksten Esper in Academy City, einer futuristischen Metropole, die für ihre wissenschaftlichen Fortschritte und die Entwicklung übernatürlicher Fähigkeiten bekannt ist. Accelerator, dessen wahre Identität unbekannt bleibt, besitzt die Fähigkeit, Vektoren zu manipulieren, was ihn nahezu unbesiegbar macht.

Die Geschichte beginnt nach den Ereignissen des "Sisters Arc", in dem Accelerator eine zentrale Rolle spielte. Nach einem schweren Kampf, der ihn körperlich und emotional belastet, zieht er sich zurück und wird in ein Krankenhaus eingeliefert. Während seiner Genesung trifft er auf Last Order, eine der Schwestern aus dem "Sisters"-Projekt, die eine enge Bindung zu ihm entwickelt. Accelerator übernimmt unfreiwillig die Rolle ihres Beschützers, was ihn in eine Reihe von Konflikten verwickelt.

Ein zentraler Handlungsstrang dreht sich um die Organisation "DA", eine geheime Gruppe, die versucht, die Kontrolle über Academy City zu übernehmen. Accelerator wird in ihre Machenschaften hineingezogen, als Last Order entführt wird. Dabei trifft er auf Estelle Rosenthal, eine Wissenschaftlerin, die mit DA verbunden ist, sowie auf andere Charaktere wie Yomikawa Aiho, eine Anti-Skill-Beamtin, und Awaki Musujime, eine ehemalige Mitgliederin von DA.

Im Laufe der Geschichte wird Accelerators komplexe Persönlichkeit weiter erforscht. Obwohl er oft als kalt und gleichgültig dargestellt wird, zeigt er eine tiefe Sorge um Last Order und entwickelt ein moralisches Bewusstsein, das ihn dazu bringt, gegen seine eigenen Interessen zu handeln, um andere zu schützen. Die Handlung kombiniert Action, Science-Fiction und moralische Dilemmata, während sie die Beziehungen zwischen den Charakteren und die Auswirkungen von Macht und Verantwortung untersucht.

Der Manga bietet eine Mischung aus intensiven Kampfszenen, politischen Intrigen und emotionalen Momenten, die die Entwicklung der Charaktere vorantreiben. Accelerators Weg von einem gefürchteten Antagonisten zu einem ambivalenten, aber schützenden Helden steht im Mittelpunkt der Erzählung, während gleichzeitig die dunklen Geheimnisse von Academy City und ihrer Organisationen enthüllt werden.